Исследователи считают это произведение поворотным пунктом в творчестве Джованни Беллини, поскольку оно является первым опытом мастера в области тональной живописи, которая станет основой творчества родоначальника искусства Высокого Возрождения в Венеции Джорджоне (Джорджо да Кастельфранко; 1476–1510 гг.) и других позднейших венецианских мастеров. Продолжением и развитием этой творческой линии является картина «Святое собеседование» (Венеция, Галерея Академии). На ней можно видеть, как из темноты пространства свет выхватывает фигуры Мадонны, св. Екатерины и св. Магдалины, объединённых молчанием и священными мыслями. Удачное художественное решение темы, найденное в этой картине, имело продолжение в нескольких вариациях, например, «Мадонна с Младенцем, Иоанном Крестителем и Анной (или Елизаветой)» из Национальной галереи Урбино и «Мадонна с Младенцем четырьмя святыми и донатором» (Нью-Йорк, Библиотека Пирпонта Моргана). Джованни Беллини был предшественником великих венецианских колористов. Пользуясь техникой масляной живописи, он добился глубокого звучания красок и создал основу для выдающихся колористических достижений венецианской живописи XVI в. В своих поздних произведениях Джованни Беллини уже вплотную подходит к искусству Высокого Ренессанса. В 1500–1505 гг. он написал картину «Читающий святой Иероним в пейзаже» (Вашингтон, Национальная галерея) и один из своих шедевров – «Мадонну на лугу» (около 1505 г., Лондон, Национальная галерея). «Мадонна на лугу» долгое время считалась работой близко к нему стоявшего по стилю и тематике Марко Базаити (1470–1530 гг.). Она находится не в очень хорошем состоянии сохранности, т.к. в 1949 г. не слишком удачно была переведена с дерева на холст. Картина полна умиротворения, возвышенной религиозности и человеческой нежности. Джованни Беллини достигает в ней сложного синтеза поэтичности и религиозной метафоричности, который отражает всю тонкость его щедро одарённой натуры, а также разными символами, из которых соткано сложное смысловое полотно. В таком же духе трактована художником «Мадонна с благословляющим Младенцем Христом» (1509 г., Детройт, Институт искусств). Кристальной ясностью композиции, величавостью образов, необычным красочным богатством отличается прославленная алтарная картина «Мадонна со святыми» в церкви св. Захарии в Венеции (1505 г.). В 1505 г. Джованни Беллини пишет еще одну алтарную картину для церкви Сан-Дзаккариа в Венеции – «Мадонна с Младенцем на троне и святыми Петром, Екатериной, Лючией и Иеронимом», которая издавна считалась одним их самых изысканных и прекрасных его произведений. Художник повторил здесь композиционный опыт с алтарём Сан-Джоббе – апсида, в которой расположились Мадонна с Младенцем и предстоящими, как бы продолжает пространство храма. После смерти старшего брата Джованни получил в наследство книгу рисунков своего отца Якопо Беллини, но при условии, что должен завершить неоконченную картину «Проповедь святого Марка в Александрии», которую Джентиле начал в 1504 г. для церкви Скуола Гранде ди Сан-Марко. Сохранился документ, согласно которому Скуола ди Сан-Марко поручала завершение картины Джованни, однако критики до сих пор расходятся во мнении, что в ней принадлежит кисти каждого из братьев.