К середине 1460 гг. Джованни Беллини становится известным мастером и начинает получать престижные заказы на исполнение церковных алтарей. Между 1460 и 1464 гг. он участвовал в создании алтарей для церкви Санта-Мария делла Карита. Эта церковь в середине XV в. была перестроена, и для четырёх фамильных алтарей ему были заказаны четыре триптиха: «Триптих св. Лаврентия», «Триптих св. Себастьяна», «Триптих Мадонны» и «Триптих Рождества». Сегодня все они хранятся в Галерее Академии (Венеция). Исследователи считают, что по большей части эти алтари писали другие художники, а Джованни Беллини мог принадлежать сам замысел. Не вызывает сомнений только «Триптих св. Себастьяна», который считается работой, целиком выполненной его рукой. Ещё одно крупное произведение мастера – полиптих Святого Винченцо Феррера из венецианской церкви Санти Джованни э Паоло. Винченцо Феррер был испанским святым, видным деятелем доминиканского ордена. Он был известен как талантливый полемист, страстный проповедник, духовник, а затем как яростный противник папы Бенедикта XIII (1394–1417 гг.), признанного антипапой. В 1455 г. Винченцо был канонизирован, после чего доминиканский орден занялся широкой пропагандой и утверждением его культа. Джованни Беллини написал полиптих, состоящий из девяти картин, расположенных в три яруса. В верхнем – «Пьета» и две картины «Благовещения»; в среднем – «Св. Винченцо Феррер», в центре, по сторонам от него «Св. Христофор» и «Св. Себастьян». В нижнем ярусе – три картины пределлы со сценами пяти чудес, сотворённых Винченцо: «Св. Винченцо спасает утонувшую и воскрешает погребенных под развалинами», «Св. Винченцо испепеляет силой слова тела мужчины и женщины, виновных в преступлении и спасает их души», «Св. Винченцо воскрешает младенца и освобождает пленников». По мнению исследователей, художнику в изображении чудес святого ассистировал один из его помощников – Лодовико Падовано. «Голова Иоанна Крестителя» (Пезаро, Городские музеи) и «Мертвый Христос, поддерживаемый двумя ангелами» из Берлина (Государственные музеи) очень схожи с полиптихом Винченцо Феррера методом наложения красок, выразительностью форм и драматизмом. Однако с течением времени, к 1470 гг., живопись Джованни Беллини становится менее драматичной, но более мягкой и трогательной. Это отразилось в алтаре из Пезаро «Коронование Марии», о датировке которого до сих пор ведётся дискуссия. Разные исследователи относят его создание к 1465–1470, к 1470–1475 и даже к 1480 гг. Столь же разнятся и мнения относительно повода, по которому этот алтарь был создан. По одной версии, решение о его создании было принято по случаю взятия в 1463 г. крепости Градары войсками Пезаро (о чём может свидетельствовать пейзаж с множеством башен и крепостью). По другой версии, поводом для исполнения алтаря могло быть состоявшееся в 1474 г. бракосочетание синьора города с Камиллой Арагонской. В любом случае, исследователи видят в алтаре политико-религиозный подтекст, связывая пезарского святого – Теренция, и святого Георгия, изображённых на картинах пределлы, с желанием прославить гражданскую и военную власть правителей Пезаро – герцогского рода Сфорца. Картины алтаря выполнены маслом, что свидетельствует о знакомстве Джованни Беллини с техникой, которую окончательно ввёл в венецианскую живопись приехавший в город в 1475 г. видный представитель южной итальянской живописи эпохи раннего Возрождения Антонелло да Мессина (1429/1431–1479 гг.). Кроме очевидного влияния Андреа Мантеньи, исследователи отмечают в алтаре следы знакомства Джованни Беллини с работами итальянского живописца Пьеро делла Франческа (1420–1492 гг.), однако где он их мог видеть – для исследователей загадка.