14 июня 1170 г. Генрих II  нарушил традиционные права Кентерберийского архиепископа, поручив коронацию принца архиепископу Йоркскому, при поддержке других епископов. Уже после этого, на почве взаимных уступок, состоялось временное перемирие архиепископа с королём, однако вскоре и оно было нарушено, поскольку Бекет потребовал опубликовать папские послания, осуждающие Кларендонские постановления, а также отстранить от должности епископов Лондона, Солсбери и Йорка, державших сторону короля. Генрих II вновь пошёл на уступки, предложил Бекету вернуться в Англию, обещал вернуть доходы, поступившие от церкви государству. Каким в точности было соглашение, исследователям не известно, но когда Бекет после изгнания возвратился в Англию, ему был оказан восторженный прием. В начале декабря 1170 г. он триумфально вступил в Кентербери и отлучил от церкви Йоркского архиепископа и других епископов из-за совершённой ими коронации. При королевском дворе это было воспринято как нарушение Бекетом только что состоявшегося соглашения. Кроме того, этот шаг архиепископа заставлял вызывать сомнения в действительности коронации, имевшей в глазах короля большое политическое значение. Исследователи сообщают, что когда Генрих II, находившийся тогда в Нормандии, услышал, что архиепископ вернулся в Кентербери нисколько не раскаявшимся, он выразился приблизительно так: «Да избавит ли кто-нибудь меня от этого предателя Бекета?!» Вполне вероятно, что король мог в гневе высказать подобное желание. Но нашлись добровольцы: четыре рыцаря из его окружения (Реджинальд Фитцурс, Вильям де Траси, Гуго де Морвиль и Ричард ле Бреет) отправились из Франции, где в это время находился двор, в Англию, прибыли в Кентербери, встретили поддержку кое-кого из местных землевладельцев, севших на земли, отобранные королём за время изгнания Бекета, и теперь боявшихся репрессий со стороны архиепископа. 29 декабря 1170 г. они убили Бекета в его соборе, обвинив в измене. Они были раздражены тем, что Кентерберийский архиепископ, несмотря на их угрозы, не соглашался снять объявленного над Йоркским архиепископом интердикта, а ещё больше – резкостью и надменностью самого Бекета. Убийство вызвало бурю протеста во всем христианском мире и вынудило Генриха II приостановить наступление на церковные привилегии. Исследователи считают, что подозревать Генриха II в убийстве Бекета нелогично, поскольку он мог это сделать и во Франции, подослав убийц, поэтому подозревают в убийстве баронов братьев Бро – противников Бекета. Однако вся вина пала на короля, который даже не стал оправдываться и в 1174 г. у гробницы Бекета принес публичное покаяние. В одежде пилигрима и босиком на камнях собора в Кентербери он попросил прощения за смерть, которой не желал, но и не воспрепятствовал ей. Бекет погиб, защищая фундаментальный принцип: королевская юрисдикция не может быть неограниченной (король этого и не отрицал), и не одна только светская власть имеет право решать, где её границы (с этим убийцы Бекета были не согласны). И церковно-политические условия момента, и настроение массы, видевшей в Бекете не только мученика за церковь, но и борца против деспотизма короля, дали папе Римскому возможность использовать это преступление в интересах церкви. Наказание короля, провозглашение самого Бекета святым – всё это надолго утвердило мощь церкви в Англии. Религиозность народной массы, а также и её политическое предрасположение к убитому сделали св. Фому Бекета самым популярным святым средневековой Англии, а его мученическая смерть способствовала достижению окончательного компромисса. Вскоре гробница Бекета стала местом поклонения. На протяжении трёх с половиной веков десятки тысяч паломников со всей Европы приходили в Кентербери, чтоб отдать должное принципиальности этого человека, который не побоялся отстаивать свои убеждения перед королём. В 1173 г. он был канонизирован, и день его смерти стал в церковном календаре праздником св. Фомы. Однако при Генрихе VIII Тюдоре (1485–1509 гг.) Бекет был развенчан как святой и объявлен чуть ли не государственным преступником. Его рака была демонтирована, а имя перестало упоминаться в храмах. Тем не менее, церковь в Англии и Нормандии после мученической смерти Бекета достигла некоторой существенной свободы от королевского и герцогского господства. Кое-что из его наследия живо и сегодня. Борьба Бекета против утверждения королевской власти над духовенством повторяется в современном сопротивлении светскому юридическому контролю над убеждениями и нравственностью. Всё ещё существуют ограничения на полномочия законодательной власти и судов вмешиваться в чисто религиозные вопросы и наказывать за чисто нравственную деятельность. Всё ещё существуют трудности в определении правовых границ этих вопросов и этой деятельности. Всё ещё существует убеждение (или до недавнего времени существовало), что если правовые установления государства противоречат высшему праву, то у человека есть право и есть долг нарушать их.