Постановлениями предусматривалось, что апелляции в Рим будут ограничены, королевские чиновники смогут присутствовать на заседаниях церковных судов, а духовные лица сразу после осуждения будут подпадать под гражданскую юрисдикцию. Историки английского права анализировали конфликт между Генрихом II и Бекетом, в основном, с точки зрения их позиций в отношении третьей статьи, которая, по сути, устанавливала, что любой обвинённый в тяжком преступлении (фелонии) клирик (например, в убийстве, поджоге, грабеже, изнасиловании, нанесении увечий и др.) должен быть послан королевским судом в церковный суд для разбирательства и в случае осуждения последним возвращён в королевский суд для вынесения приговора. На практике это означало казнь или увечье путём ослепления или отрубания рук или ног. Однако на деле ничуть не меньше значения  имели и другие положения постановлений, например, восьмая статья делала не папу, а короля верховным арбитром канонического права в Англии. После того, как папа отказался одобрить эти постановления, Томас Бекет изменил прежнее решение и также не подписал их. Подписался он под ними, в конце концов, или нет, исследователям в точности установить не удалось. Во всяком случае, он их опротестовал и им не подчинялся. Тогда и началась борьба короля с архиепископом. С Бекета потребовали возмещения ряда сумм, вручённых ему королём и истраченных им на государственные нужды в бытность его канцлером, потребовали от него отчётности за годы канцлерства, побуждали всех, кто имел какие-либо претензии к церкви, выступать с ними теперь, обещая поддержку государства. Вели все эти дела королевские суды, опираясь на Кларендонские постановления, которые Бекет уже опротестовал и признавал эти суды (как светские) не компетентными в делах, касающихся архиепископа и церкви. Он апеллировал к папе Римскому, но епископы его не поддержали, боясь королевской немилости. Столкновение Томаса Бекета с Генрихом II в Кларендоне явилось апофеозом их противоборства, после чего Бекет предпринял две неудачные попытки бежать из Англии. Генрих II собрал королевский суд, чтобы лишить Томаса Бекета церковного сана, тот суду не подчинился и зимой 1164 г., в конце концов, бежал во Францию, откуда семь лет грозил Генриху II. Он встретился с папой Римским в Сансе и заручился его поддержкой против Генриха II, однако трудности, которые переживал сам папа, не дали ему возможности оказать содействия Бекету в возвращении в Англию. Два года он прожил добровольным изгнанником в цистерцианском аббатстве в Понтиньи (Бургундия), около Санса, но затем монахи, жившие на английской территории, под давлением Генриха II изгнали архиепископа (король угрожал монахам репрессиями, если их орден будет продолжать давать приют беглому архиепископу). С другой стороны, и Бекет стал угрожать королю интердиктом. Генрих II, не обращая внимания на Томаса Бекета, продолжал укреплять свои владения во Франции, присоединил Ирландию, упрочил своё влияние в Шотландии. Он решил создать в Европе третью империю – Британскую (в Европе к тому времени было несколько королей и лишь два императора – Византии и Германии; оба императора считались наследниками римских цезарей). Титул императора Генрих II предназначал себе, а четверых сыновей хотел сделать королями Англии, Ирландии, Шотландии и своих французских владений. Но осуществить этот замысел без Римского папы было нельзя – тогда этот акт расценивался бы как узурпация. Более того, даже короновать сына имел право только Кентерберийский архиепископ, а им оставался враг – Томас Бекет, который последние четыре года изгнания провел в аббатстве св. Коломба в Сансе. Поэтому Генрих II постарался как-нибудь добиться примирения с архиепископом. Переговоры наладились, однако, не скоро. В 1166 г. Бекет воспользовался папскими полномочиями для отлучения членов королевского совета Генриха II от церкви. Кроме того, начал обличать поддержавших короля английских епископов. Папа Александр III под угрозой наложения интердикта на Англию вынудил Генриха II официально примириться с Бекетом во Фретевале (близ Вандома).