Точно так же Бруно стремится преодолеть противоположность материи и формы, подчеркивая активность материи как формообразующего начала. В результате материя утрачивает некоторые принятые у платоников и перипатетиков (последователей Аристотеля) характеристики и становится «божественной сущностью» («cosa divina»), «великолепной родительницей и матерью природы». В последний период творчества у Бруно все больше сказывается влияние пифагореизма, а также, скорее, метафизического, чем физического атомизма. Таковы латинские поэмы, опубликованные в 1591 г.: «О монаде, числе и фигуре» («De monada. numéro et figura»), «О неизмеримом и неисчислимом» («De immenso et innumerabilibus»), и «О тройном минимуме и об измерении» («Detriplici minimo et mensura»). Бесконечное всеединство конструируется теперь с помощью «минимумов», или «атомов» всего сущего, являющихся как бы его «семенами». Идея «совпадения противоположностей» в духе Николая Кузанского и здесь служит основным методом такого конструирования. Бесконечная Вселенная в целом – это Бог. Он находится во всём и повсюду, не «вне» и не «над», но в качестве «наиприсутствующего». Универсум движим внутренними силами, это вечная и неизменная субстанция, единственно сущее и живое. Единичные вещи изменчивы и вовлечены в движение вечного духа и жизни в соответствии со своей организацией. Бруно неоднократно отождествлял Бога с природой, с её разнообразными процессами и вещами, с материей (по его мнению, «божественным бытием в вещах»). Бог в вещах, а материя – активное творческое начало, обладающая внутренней движущей силой вещей, душой мира; субстанция едина. Истина одна, она не может быть постигнута верой на основе Откровения, но бесконечно познаётся разумом с помощью философии. В целом пантеизм Бруно, материалистический в ряде своих положений, содержал определённую легитимизацию и реабилитацию материи (того начала, которое, по его мнению, «всё производит из собственного лона») в контексте преодоления схоластической концепции существования множества «форм», не связанных с материей. Сконструированный таким образом Абсолют отождествляется Бруно с Богом так, что возникающее при этом философское учение по праву должно называться пантеизмом, хотя полной имманентности Бога природе или Вселенной у Бруно нет, поскольку он всегда подчеркивает, что вселенная есть только его «великое подобие» и «великий образ» («il grande simulacro», «la grande imagine»). Пантеистическая метафизика всеединства тесно связана у Бруно с его инфинитистской космологией, на создание которой сильно повлияло учение Коперника (а также Лукреция, средневековых мыслителей, учивших о бесконечном всемогуществе Бога, и, разумеется, учение немецкого философа, теолога, кардинала, развивавшего идеи пантеизма, Николая Кузанского; 1401–1464 гг.). Еще находясь в монастыре, Бруно познакомился с книгой Коперника, тогда еще не запрещённой и почти никому не известной, учение которого было воспринято им с воодушевлением как знак «восхода истинной древней философии».