Вершинами развития первой фазы для него (соответственно) выступали Аристотель, Фома Аквинский и триумвират Ф. Бэкона, Декарта и Локка. Фазу догматизации в третьем периоде являл собой, по мнению Брентано, немецкий трансцендентально-критический идеализм, представители которого и трактовались философом как главные оппоненты: без преодоления их наследия, по его мнению, невозможен выход в новый период культурно-исторического развития Европы. С точки зрения Брентано, немецкий критический трансцендентализм засвидетельствовал тупики, в которые зашла классическая философия. Начиная с Канта, философия ушла в мир гносеологии и чистого созерцания. Необходимо вернуться, не отрицая определенного идеального созерцания, к эмпирической точке зрения. Исходной для «выправления» философии, по мысли Брентано, является психология, которая одна может правильно поставить проблему сознания, предоставить точные и достоверные высказывания о нем. Основой исследования должен явиться предельно широкий критический анализ имеющихся мнений, чтобы прийти к их подлинному основанию. Реализовать поставленную цель можно, по его утверждению, только построив интенциональную теорию сознания, снимающую догматизированные оппозиции объективного и субъективного, души и тела, материализма и идеализма и т.д., и основанные на ней новую логику (логику экзистенциальных суждений) и новую этику (этику непосредственного созерцания ценности). Фактически речь идет о ревизии всей предшествующей философской традиции. Структурность мира задается, согласно Брентано, структурностью сознания: последнее же может быть правильно понято только внутри дескриптивной психологии (или описательной феноменологии), противопоставляемой им опирающейся на физиологические исследования психологии генетической. Только первая (Брентано называл ее еще и «психогнозией») суть психология в собственном смысле слова и одновременно – единственно возможная форма научной философии. Её «эмпирическая точка зрения» предполагает, по мысли Брентано, анализ феноменов нашего сознания, т.е. того, что непосредственно дано в опыте (во внутреннем восприятии). Отсюда следуют две ближайшие задачи: определение сути психических феноменов как таковых и классификация этих феноменов. Согласно Брентано, исходное основание анализа – система Аристотеля, переинтерпретированная Фомой Аквинским. Следовательно, основная методологическая установка должна исходить из аналитичности. Классическая философия исходит из оппозиции естествознания, изучающего «особенности и законы тел» на основе нашего внешнего опыта, с одной стороны, и, с другой стороны, психологии, которая должна дать знание о законах души как субстанционального носителя представлений и других качеств, которые также непосредственно нам даны (в соотнесении с представлениями) во внутреннем опыте – т.е. только в том, что мы непосредственно находим в самих себе и «о чем посредством аналогии мы заключаем по отношению к чужим душам». Как полагал Брентано, традиционно проводимая граница между внешним и внутренним условна не только в силу того, что есть феномены, принадлежащие полю исследования и естествознания, и психологии. Обнаруживается, что «...не только физическим вызываются изменения физического состояния, а психического – психическим, но и физическое состояние может иметь своим следствием психическое, а психическое состояние – физическое». Необходим подход, снимающий противоречие между исследовательскими установками, акцентирующими либо один, либо другой аспект. В основании сложившегося противопоставления лежит различение сущего и явлений, а, соответственно, наук о психическом и наук о физическом (т.е. о телах) на основе гипотезы о том, что «в действительности существует мир, который вызывает наши ощущения и обнаруживает аналогии с тем, что нам в них является». Однако существование предметов так называемого внешнего восприятия, т.е. тел вне нас не доказуемо. «В противоположность сущему они всего лишь феномены».