Его комментарии по манере и методу они считают близкими к традиционным школьным комментариям греков-неоплатоников и настолько же далекими от римского стиля философствования, насколько близко к нему «Утешение философией». Исследователи также считают, что отчасти трудность классификации произведений Боэция связана с тем, что он четко различал жанры философствования, строго придерживаясь манеры изложения, языка, строя аргументации и метода, принятого для римского «утешения», комментария, учебника или богословского исследования. По сравнению с христианским теологом, представителем западной патристики Августином Блаженным (354–430 гг.) Боэций ввел христианскую латинскую философию в русло большей научной и терминологической строгости, одновременно внеся в решение собственно философских проблем значительную долю умеренного аристотелизма. Он первым разработал по-латыни терминологию бытия, что требовалось для изложения тринитарных и христологических проблем, обсуждавшихся на Вселенских соборах, а также для комментирования аристотелевских трактатов. Проблема универсалий решалась им следующим образом: роды и виды существуют только в единичном, а мыслятся только как общие. Из десяти аристотелевских категорий Боэций обозначил категорию сущности как субстанцию, все же остальные – как акциденции, что привело к образованию в схоластической традиции устойчивой метафизической пары «субстанция – акциденция». Иначе говоря, в существующей вещи Боэций различает «бытие» («esse») и «то, что есть» («id quod est»). Чистое («простое») бытие – это благо, благодаря причастности которому существует все, что существует, – это Бог; только в Боге бытие и то, что есть, тождественны. Самостоятельно существующая вещь как носитель акциденций называется субстанцией, а собственно как самостоятельно (т.е. безотносительно к акциденциям) существующая – субсистенцией. То, чем является данная вещь, суть ее бытия (или на аристотелевском языке форма) обозначается у Боэция неологизмом (единожды, но не в строгом смысле употребленным Августином) essentia – сущность. Синоним сущности эссенции – «природа» («природа есть видовое отличие, образующее всякую вещь»). В логическом дискурсе природой, формой, или сущностью вещи будет ее «последний вид», или видовой отличительный признак (differentia specifica); в словесном раскрытии это – определение; правильный ответ на вопрос «Что есть данная вещь?» заключается в указании ближайшего рода и видообразующего отличительного признака (definitio est genus proximum per differentiam specificam). Так, на вопрос о сущности или природе Сократа, следует ответить «Человек» (последний вид) и дать определение: «Человек есть животное (ближайший род) разумное смертное (отличительные признаки)». Субсистенциями могут быть только индивидуумы, т.е. далее логически неделимые субстанции, как данный человек или данная лошадь. Эссенциями (сущностями) могут быть только последние виды (т.е. такие виды, которые делятся только на индивидуумы, но не на другие, более мелкие виды). К числу субстанций, т.е. носителей привходящих признаков (акциденций) относятся как самостоятельно существующие субсистенции-индивиды, так и общие понятия, роды и виды, которые Боэций назвал «универсалиями» – общностями или целостностями.