Принадлежность Боэция пяти приписывавшихся ему христианских теологических трактатов оспаривалась в Средние века, вплоть до 1860 г.; в настоящее время большинством исследователей он признан автором четырех из них: «Каким образом Троица есть единый Бог, а не три бога» («О Троице» I); «Могут ли Отец, Сын и Святой дух сказываться о Божестве субстанциально» («О Троице» II); «Каким образом субстанции могут быть благими в силу того, что они существуют, не будучи субстанциальными благами» («О Троице» III, или «О гебдомадах»); «Книга против Евтихия и Нестория» (или «О лице и двух природах»). Эти труды Боэция отличаются применением философского метода к богословской проблематике, оказали прямое влияние на формирование интеллектуальных традиций схоластики. Пятый трактат «О католической вере» (или «Об истинной вере») ряду специалистов представляется нетипичным для склада мысли и духовных интересов Боэция своим чисто богословским содержанием. Согласно Боэцию, хотя Божественная истина сверхразумна, философ обязан использовать для её постижения рациональные средства. Логическое применение категорий Аристотеля, характеризующих субстанцию, к высказываниям о Боге, привело его к выводу об ограниченности их доказательных возможностей. В этом Боэций следовал за неоплатониками и отцами Восточной церкви. Обращаясь к теологической проблеме единства божественной субстанции при множестве её лиц (ипостасей), он указывал, что выяснение отношений между терминами ничего не меняет в сущности субъектов. Поэтому лица Троицы неразличимы в своей субстанции, что и свидетельствует об их единстве. В соответствии с догматикой христианства Боэций доказывал, что в одном лице (ипостаси) Христа могут совмещаться две сущности. В конце жизни, находясь в заключении, он написал трактат «Утешение философией», который более всего читался, в особенности после эпохи Возрождения. В нем Боэций, следуя аналогичным по замыслу сочинениям античных авторов, развивает позиции теоцентризма. Здесь обсуждаются проблемы оправдания Божественной справедливости перед лицом существующего в мире зла, соотношения судьбы и провидения, божественного предзнания и т.д. Указывая на непостоянство превратности фортуны, он утверждает единство и неделимость совершенного блага и совпадение сущности блага и Бога. Человек способен свободно выбирать под наблюдением и опекой всезнающего Бога. Божественное предопределение, в свою очередь, реализуется в различных формах, но в обязательном порядке. В Средние века больше всего изучались и комментировались богословские трактаты Боэция, особенно «О Троице» I и «О гебдомадах». Наибольшее же влияние на формирование латинской средневековой культуры и философии оказали переводы, комментарии и учебники Боэция, в первую очередь, по логике. Его философские воззрения в целом характеризуются эклектичностью, сочетанием учений Платона, Аристотеля, неоплатоников и стоицизма. Исследователям трудно классифицировать Боэция, отнеся к определенной философской школе (сам он, видимо, считал себя платоником), но призывают не забывать, что и Аристотеля он считал несомненным платоником (странно, что Боэций не перевел ни одного диалога Платона; только в «Утешении философией» заметно влияние «Тимея» и «Горгия»). Он объявляет, что не приемлет учения стоиков и эпикурейцев, но влияние на него Цицерона и в меньшей степени Сенеки очевидно. Боэций не просто христианин – он признанный Учитель католической церкви; но по поводу его «Утешения философией» до сих пор идут споры, не язычник ли его написал, поскольку там нет ни единого намека на христианский образ мыслей. Так что одно время исследователями допускалось даже существование двух Боэциев – автора «Богословских трактатов» и автора всего остального (на сегодня единство Боэция более или менее исследователями доказано и общепринято).