На следующей ступени человек должен понимать гармонию в мире вещей, виновник которой Бог. Здесь ещё более ясным свидетельством о Боге является сам человеческий дух. Тройственный состав духа, неразрывная взаимосвязь трех его способностей (памяти, разумения и воли) указывают по аналогии (подобно тому, как образ указывает на прообраз) на единство трех ипостасей Троицы. Однако самым отчетливым свидетельством о Боге является человеческий дух не в его обычном состоянии, когда он может лишь констатировать наличие своих способностей, а сам будучи искажен страстями, но когда он преобразуется благодатью, являя подобие внутрибожественной жизни. Третья ступень – узрение Бога внутри себя, в душе с помощью благодати. На четвертой ступени душа преображается, благодаря чему на пятой ступени духовной эволюции, души практикующих созерцают Бога в Его непреходящей славе. На шестой ступени душа сливается с Ним, но при этом остается личностью. Обращаясь к поискам свидетельств о Боге в собственно интеллектуальной сфере, Бонавентура предлагает вариант онтологического доказательства бытия Бога. Он задается вопросом: может ли разум, просветленный верой, иметь представление о чистом бытии, бытии как таковом, которое присуще только Богу? Чистое бытие, утверждает он, и есть собственный объект нашего интеллекта. Это первое, ближайшее, что доступно разумению: всякое частное бытие понимается только потому, что нам известно бытие как таковое. Однако наш разум не сознает этого, подобно тому, как глаз, различающий при свете цвета, формы и т.п., самого света видеть не может. Доктрина творения Бонавентуры характеризуется экземпляризмом – представлением, что все сотворенное имеет в Боге свои прообразы (exempla), идеи, существующие во втором Лице Троицы, в Боге Слове. Поскольку Отец рождает Сына в вечном акте самопознания, то Сын может быть назван мудростью Отца, через Слово проявляются все творческие возможности Бога. О Логосе как принципе устроения мира учили и философы, но полностью Логос открывается в начале Евангелия от Иоанна, где он появляется как тот, через которого созданы все вещи (т.е. как причина-образец), и кто просвещает всякого человека, приходящего в мир: «Со своего трона на небесах Христос учит нас изнутри». Через Христа осуществляется и возвращение всех творений к Богу. Это возвращение (reductio) в случае низших творений достигается в человеке и через человека, воздающего хвалу Богу за творение, стоящее ниже его. Возвращение самого человека, в свою очередь, становится возможным во Христе, ибо человек возвращается к Богу, живя праведной жизнью (т.е. когда он находится в правильном отношении к Богу), что выполнимо только благодатью Христа. Разум человека является правильным (reclus), когда он обрел истину, и, прежде всего, вечную истину. Его воля правильна, когда она любит то, что действительно есть благо. Проявление его силы правильно, когда оно является продолжением управляющего могущества Божия. В результате первородного греха человек утратил эту троякую правильность, и его интеллект, увлеченный пустым любопытством, запутался в бесконечных сомнениях и бесплодных противоречиях; его волей правят алчность и вожделение, в реализации своих сил он стремится к автономии. Но хотя человек и утратил состояние изначальной справедливости, он все-таки жаждет её. Это стремление к бесконечному благу проявляется в его беспрестанных поисках удовольствий. Посредством веры и любви (при благодатном содействии Христа) человек может возвратиться к Богу. Согласно Бонавентуре, когда мы знаем некий внешний объект, наш разум одновременно бывает просветленным, так что он правильно судит об этом объекте и потому находится в согласии с собственной мыслью Бога об этом предмете. Он считал, что интеллект может обращаться и внутрь, размышляя о душе и её стремлениях. Анализируя подлинную природу объекта этих устремлений, разум открывает Бога и себя самого как образ Бога. Используемый при этом процесс рассуждения не является ни дедуктивным, ни индуктивным; его Бонавентура называет «редукцией». В ходе редукции происходит всё более глубокое усмотрение Божественного присутствия в самом нашем стремлении к истине и совершенному счастью. Всякая область знания – дар свыше, от «Отца светов», и может быть поставлена на службу теологии.