С одной стороны, ему, вероятно, была известна мистика Иоганна Экхарта (около 1260 – около 1328 гг.) и Иоганна Таулера (1304–1361 гг.) в ее позднейших отражениях эпохи Реформации – Каспара Швенкфельда (1489–1561 гг.) и Себастьяна Франка (1499–1542 гг.); с другой стороны, от своих друзей-натуралистов он узнал о натурфилософии, магии и теургии Парацельса. Ему были известны и различные секты протестантизма. Главным стимулом к философскому творчеству у Бёме, как и у христианского теолога Августина Блаженного (354–430 гг.), была проблема зла. Ни оптимизм мистиков неоплатонического типа, считавших зло иллюзией и ослаблявших его реальность своим чересчур сглаживающим противоречия пантеизмом, ни теизм традиционного пессимистического лютеранства, в котором мировое зло оставалось печальной реальностью, не находившей себе морально-религиозного оправдания, не могли удовлетворить Бёме. Его цель – выявить связь между Божественной сущностью и миром вещей, осмыслить место человека во Вселенной, его назначение и возможности. Он стремится показать, что зло является необходимым следствием самораскрытия Божественной личности, стараясь в то же время избегнуть гипостазирования добра и зла в две самодовлеющие божественные реальности, как это делает манихейство. Склоняясь к пантеизму и отвергая ходячее мнение, согласно которому «Бог обитает только над голубым небом звезд», Бёме утверждал, что Бог есть всё и пребывает везде. Он писал: «Когда имеют небо и землю, звезды и стихии, и всё, что в них, и всё, что над всеми небесами, то тем самым именуют всесильного Бога». В другом месте он уподобляет мир саду, в котором почва знаменует природу, древесный ствол – звезды, ветви – стихии, плоды, растущие на дереве, – людей, а животворный сок дерева – Бога. Так, Бог и природа сливаются у него в единый могучий поток бытия. Мистическая направленность философа проявилась в учении об Ungrund,е (нем. – бездна, безмолвность, безначальность). Речь идет не о генезисе во времени – говорить об эволюции Бога можно только «Um des Lesers Unverstand willen» («в силу неразумия читателя»), – но о логических моментах, из которых состоит самопроявление или самораскрытие Божества. «Свет из тьмы»! И для личного, сознательного, определенного бытия Бога необходима его противоположность: темное Nichts – неопределенное, бесформенное, «бездна», Ungrund. Таким образом, в основе Божественного бытия лежит бессознательная «природа» – потенция Бога, предшествующая Его актуальному бытию. Первоначально, согласно Бёме, Бог есть вечный покой, единое вечное Ничто, поскольку Бог не может быть подобен никакой вещи. В космосе и во всем тварном мире разлито Божественное начало, действует Его энергия. Согласно воззрениям Бёме, Бог и природа едины, но, с другой стороны, ни одна из характеристик природы вещей не применима к Богу; все их характеристики отрицательны по отношению к Нему. Мировой процесс – это самораскрытие Бога. Через самосозерцание Бог делается Своим зеркалом и, оставаясь единым, пробуждает желание, которое есть огонь, и через него Бог открывает и познает Себя в диалектике развития образов и идей. Бёме дает столь широкий простор своей фантазии, своим метафорам и темным аналогиям, что его мысль помимо его воли непрестанно колеблется в трех направлениях. Темный сосуд, отражающий солнце, – образ, столь поразивший его в юности, – является как бы idée pivotale (стержневой идеей) всей его системы, поскольку он находит разгадку зла в том, что все для своего проявления нуждается в фоне, контрасте, противоположности, каждое «да» нуждается в своем «нет». Это применимо и к Божественному началу. В этом меоническом начале Nichts есть стремление, голод к «Ichts». Всякое откровение есть противоположение, которое реализуется в трояком акте: стихийная воля «по ту сторону добра и зла» – начало Отца; просветление воли разумом, сообщающим ей стремление к определенному добру – начало Сына; действенный синтез воли и разума – в силе Святого Духа.