С 1614 по 1624 гг. продолжается последний период его литературной деятельности. Бёме пишет книги, послания и молитвы. Из его умозрительных сочинений наиболее замечательны: «Von den drei Principien» («О трех принципах Божественной сущности»), «Von dem dreifaltigen Leben des Menschen» («О троякой жизни человека»), «Von der Geburt und Bezeichnung aller Wesen)» («О рождении и обозначении всех существ»), «Von der Gnadenwahl» («О выборе по благодати»), «Mysterium magnum» – род комментариев к первой книге Бытия, а также «40 вопросов о душе» (к этой книге имеется приложение: «Das umgekehrte Auge»). Все вместе это называется «Psychologia vera» («Истинная психология»). Другие сочинения Бёме: «Von der Menschwerdung Christi» («О воплощении Христа (Слова)»), «Der Weg zu Christo», «Christosophia» («Путь ко Христу»), полемические труды против учения о предопределении Бальтазара Тильнена и против пантеизма Stiefel'я и Meth'a, наконец, «Theosopliische Sendschreiben» («Теософские послания»). В год своей смерти Бёме снова возбудил подозрения богословов, от которых он стал искать зашиты при дрезденском Дворе, где четыре богослова, рассмотрев его сочинения, отказались осудить их, признавая себя некомпетентными осуждать то, чего они не могут понять. О смерти Бёме сохранилось предание. Проболев недолгое время горячкой, он вскоре после полуночи позвал своего сына Товия и спросил его, слышит ли он прекрасную музыку, которая раздается вблизи? Сын сказал, что ничего не слышит. Тогда Бёме, чтобы лучше слышать ее, велел отворить двери. Потом он спросил, который час. Ему сказали – пробило два. «Мой час еще не настал. Мой черед придет через три часа». Потом он молился, сделал некоторые распоряжения относительно рукописей и около шести часов утра с веселой улыбкой умер, сказав: «Nun fahre ich ins Paradies» («Теперь я отправляюсь в рай»). На его могиле друзья поставили крест с тремя символами: овцой, орлом и львом (veni [пришел], т.е. как овца), (vidi [увидел], т.е. как орел) и (vici [победил]), но церковные фанатики уничтожили его. В 1875 г. (к 300-летие рождения) состоялось торжественное открытие памятника Бёме. На это празднество явилось, наряду с учеными и философами, много сапожников, пожелавших почтить Ганса Сакса философии. Бёме создал единую диалектическую мировоззренческую систему, основанную на сочетании натурфилософии и мистики. Источником своего учения он называет Божественное откровение. Его теософия содержит толкование библейских мифов, насыщена поэтическими образами, символична. Основа его учения – мистика Абсолюта, метафизика духа. Ментально-духовная система имеет аналогии с идущими с Востока древнейшими знаниями о космической эволюции Божественных сил и человека. Характерными чертами мистика Якоба Бёме, мышление которого отличается образным характером, были мечтательность, глубина чувства и пылкость фантазии. Рассказывают, что когда он впервые услышал от ученых философов слово «idea», то воскликнул: «Ich sehe eine reine und himmlische Jungfrau» («Вижу чистую и небесную Деву»). И в его философии мудрость фигурирует в виде Небесной Софии – Софии Премудрости Божией. Однако его учение о Боге решительно не совпадало с учением церковников. Недостаток образования и недисциплинированность чувств и воображения сильно умаляют ценность его неудобочитаемых произведений, в которых, тем не менее, просвечивает огромный природный философский талант. Представитель немецкой классической философии Георг Вильгельм Фридрих Гегель (1770–1831 гг.), почувствовавший в Бёме гениальную натуру, сравнивает его с прекрасным духом Ариелем из драмы Шекспира «Буря», но ущемленным, согласно угрозам Просперо, в трещине узловатого дуба: «Так и великий дух Бёме застрял в твердом узловатом дубе чувственного мира, в крепком узловатом сростке представлений, и не может придти к свободному выражению идей». Хотя Бёме был самоучкой, но его необычайная смышленость и широкий жизненный опыт дали ему возможность использовать ходячие идеи его времени (его система сложилась под влиянием современных ему течений философско-религиозной мысли).