В христианстве Баура интересовала, в первую очередь, нравственная проблематика. Наступил 1848 г., и у некоторых появилось желание перевести теоретические воззрения школы в область практических церковных отношений, однако неосуществимость такого желания была очевидной. Сторонники Тюбингенской школы оказались в неразрешимом конфликте со средой и с самими собой. Некоторые пасторы стали покидать свои места, а правительства германских государств опасались давать тюбингенцам кафедры. Из-за этого самый талантливый ученик Баура Эдуард Целлер (1814–1908 гг.) переменил специальность и перешел на историю философии. Оппоненты неоднократно критиковали Баура за схематизм, некритичное отношение к результатам собственных исследований и умозрительность теоретических конструкций. Тем не менее, он заложил основу так называемой отрицательной критики Нового Завета XIX в. Это критическое направление разрабатывалось его талантливыми учениками: немецким историком античной философии Эдуардом Целлером, историком-гегельянцем Альбертом Швеглером (1819–1857 гг.), поэтом и криминалистом Христианом Рейнгольдом Кестлином (1813–1856 гг.), издателем Гильгенфельдтом и др. Непосредственным учеником и последователем Баура был философ, историк, теолог и публицист Давид Фридрих Штраус (1808–1874 гг.). Идеи Баура были подхвачены представителями мифологической теории происхождения христианства: немецким философом-младогегельянцем, библеистом, историком и журналистом Бруно Бауэром (1809–1882 гг.), немецким ассирологом, представителем панвавилонизма Петером Иензеном (1861–1936 гг.), философом, писателем, значительным представителем немецкого монизма Артуром Древсом (1865–1935 гг.), согласно взглядам которых Иисус Христос – не историческое лицо, а мифологическое, его образ – результат смешения массы простонародных позднеантичных эллинских, месопотамских и иудейских верований. Последователи Баура пришли к совершенно новым воззрениям на историю первых веков христианства. И хотя эти воззрения могут быть оспариваемы, все же они открывают собой новую эпоху в области церковной истории уже по одному тому, что в работах этой школы по церковной истории впервые находят себе применения общие приемы исторической науки. Общий свод своих воззрений Баур дает в сочинении «Das Christentum und die christliche Kirche der drei ersten Jahrhunderte» («Христианство и христианская церковь первых трех столетий»; 1853, 3 изд., 1863). К этому труду примыкают: «Die christliche Kirche vom Anfang des IV bis zum Ende des IV Jahrh.» (1859; 2 изд., 1863); «Die christliche Kirche des Mittelalter» (1861, 2 изд., 1869), «Die Kirchengeschichte der neuern Zeit von der Reformation bis zum Ende des XVIII Jahrh.» (1963) и «Kirchengeschichte des XIX Jahrh.» (1862; 2 изд.. 1877). Последний период своей профессорской деятельности Баур посвятил разработке истории христианской церкви на всем ее протяжении. Этот громадный курс был предварен выпуском «Die Epoche der Kirchlichen Geschichtsschreibung» («Эпоха церковной историографии»; 1852), где Баур как бы хочет нащупать почву для работы путем осмотра предшествовавших ему опытов. В этом курсе он развертывает все богатство идей, воплощенных в его самых ранних работах. Особый интерес для исследователей представляют первые два тома, из которых один содержит историю первых трех веков, а второй – историю с IV по VI вв. Здесь Баур дает самые ценные и оригинальные свои обобщения и наблюдения. Историю церкви, согласно его мнению, делает встреча и борьба противоположных направлений. Протест против утвердившихся установлений, отрицание существующего порядка возбуждает движение и жизнь. Столкновение противоположностей рождает высшие формы жизни и развития.