Воздействие Г.В.Ф. Гегеля было для него в высшей степени благотворным. И хотя пользование гегелевскими формулами вызывает нарекания на Баура, исследователи склонны считать их незаслуженными. Борьба есть источник жизни и развития – собственно только это и говорит метод Гегеля. При изучении новозаветной истории и литературы Баур отдавал предпочтение его диалектике, в частности применял гегелевскую триаду «тезис–антитезис–синтез». «Тезисом» для него выступало «иудеохристианство» апостола Петра (петринизм), «антитезисом» – антииудаистская проповедь апостола Павла, обращенная к язычникам и отвергающая ценности Ветхого Завета (паулинизм), а «синтезом» – мистицизм апостола Иоанна Богослова. Способность господствовать над материалом, отличавшая Баура и ранее, получила новое питание и поддержку. Наиболее ярко это сказалось в его работах по истории догмы и канона. Поэтому главной областью его блестящих исторических изысканий является история догматики, к которой относятся две его обширные монографии: «Die christliche Lehre von Versöhnung in ihrer geschichtlichen Entwickelung von der ältesten Zeit bis auf die neueste» («Христианское учение о примирении в его историческом развитии вплоть до новейшего времени»; 1833) и «Die christliche Lehre von der Dreieinigkeit und Menschwerdung Gottes» («Христианское учение о Троице и боговоплощении в его историческом развитии»; 3 т., 1865–1867), а также «Lehrbuch der christlichen Dogmengeschichte» (1847, 3 изд. 1867) и «Vorlesungen über die christliche Dogmengeschichte» (3 т., 1865–1867). Другие труды Баура относятся к области символики в церковном смысле этого слова. Он поставил историю догматов на тот путь, на котором она находится и поныне, однако прокрустово ложе гегелевских категорий ее часто искажало. Исследование по истории догматов неизбежно привело Баура к изучению новозаветного канона как источника этой истории. Но фундаментальные вопросы христологии (Боговоплощение, воскресение и т.п.) он игнорировал, ссылаясь на ограниченность человеческого разума, способного продуцировать лишь мифы (в негативном смысле этого слова). Баур выступил против «Simbolik» Мёлера в сочинении «Der Gegensatz des Katholizismus und Protestantismus» (1883, 2 изд. 1836) и «Erwiderung gegen Möhlers neueste Polemik u s. w.» (1824), и учение Евангелической церкви нашло в нем защитника. Протестантская богословская наука гордится этим именем, потому что размещение материала и его освещение в лучших курсах церковной истории, например, в «Учебнике» Мёлера, недалеко отступают от того, что выработал Баур. Но с особенной любовью он занимался историей первых веков христианства. Там, где до него видели лишь единодушие и согласие, которыми характеризовали времена апостолов, он стремился обнаружить борьбу противоположных воззрений – веры в новое пришествие Мессии, основанной на иудейском законе, с принципом вселенской, свободной от закона церкви, утвержденным апостолом Павлом. Путем разграничения этих двух направлений, которые полтора века боролись между собой, возникла кафолическая церковь, а памятниками этого церковно-образовательного процесса являются новозаветные книги, которые большей частью относятся ко II в. Из книг, появившихся до 70 г., Баур считает истинными лишь четыре более пространных послания Павла (послания к Римлянам, к Галатам и 1-е и 2-е к Коринфянам) и Откровение Иоанна Богослова. Все исследования Баура, относящиеся к истории апостолов и к посланиям Павла, собраны в сочинении «Paulus, der Apostel Jesu Christi» (1845; 2 изд., 1867), изыскания же его о составе и времени возникновения Евангелия, в особенности от Иоанна, сопоставлены в сочинении «Kritische Untersuchungen über die Kanonische Ewangelien, ihr Verhälniss zu einander, ihren Ursprung und Character» (1847), к чему дополнением служит «Das Marcus – Ewangelium nach seinem Ursprung und Charakter» (1851).