Центральный витраж изображает четырех евангелистов, на боковых витражах представлены Моисей и Давид (слева), а также апостолы Петр и Павел (справа). Отдельного упоминания заслуживают два круглых витражных окна в северном и южном рукавах трансепта. Одно из них, «окно Давида» с южной стороны, изображает Христа Судию в ярко-красном одеянии в окружении ангелов. Второе витражное окно, с северной стороны, содержит сцену крещения Христа Иоанном Крестителем. Эти витражи выполнены в середине XIX в. в Базеле, Цюрихе и Мюнхене. В крайнем южном боковом нефе можно увидеть интересные витражи лондонского мастера Клемента Хитона (1861–1940 гг.), изготовленные в 1905 г. Мастер с 1893 г. жил в Невшателе и работал в русле английского движения Arts-and-Crafts. Оба витража выдержаны в стиле модерн и иллюстрируют два довольно редко изображаемых события из жизни Христа: ужин в Эммаусе и Вознесение. В соборе также находится скульптурное панно с изображением шести апостолов, представленных попарно под тремя полукруглыми арками на колоннах (согласно надписям над их головами, слева направо): Петр с Иоанном, Варфоломей с Иаковом, Симон Кананит с Иудой Фаддеем. Участники каждой пары повернуты друг к другу и ведут оживленную дискуссию, на что указывают характерные жесты апостолов, а также их облачение в виде туник наподобие тех, что носили античные философы (так скульптор намеренно представил апостолов как ученых мужей). Рельеф был создан в XI или XII в. и, вероятно, имел парную композицию в виде панно с изображением шести остальных апостолов. Возможно, оба панно служили частями алтарной перегородки. Первый орган в Базельском кафедральном соборе появился, вероятно, еще до землетрясения 1356 г. В 1394 г. для собора был изготовлен новый орган мастером из Франкфурта. В 1474 г. этот или, возможно, уже следующий инструмент был перенесен с южной стены нефа на северную, где и оставался до середины XIX в. В 1525–1526 гг. Ганс Гольбейн Младший расписал створки органа (сегодня их можно увидеть в Художественном музее Базеля). Нынешний орган Базельского мюнстера был изготовлен в 2003 г. и установлен на западной стене. Корпус органа специально сделан разделенным пополам, чтобы инструмент не слишком закрывал большое готическое окно западного фасада. Предыдущий орган собора, созданный в 1955 г., был демонтирован и перевезен в собор Непорочного Зачатия Пресвятой Девы Марии в Москве как подарок от Базельского мюнстера. В качестве органной трибуны служит ажурная готическая перегородка (леттнер) из красного песчаника, созданная во второй половине XIV в. Перегородка была отреставрирована перед установкой нового органа. Ранее леттнер находился в центральной части храма (трансепте), но в ходе перестроек интерьера в середине XIX в. перегородку переместили к западной стене, чтобы создать целостное пространство. В Базельском соборе две крипты: восточная под алтарной частью и западная под средокрестием. Особый интерес для специалистов представляет хорошо сохранившаяся восточная крипта, трехнефное помещение с обходной галереей. Галерея и три апсиды крипты относятся к позднероманской эпохе, а трехнефный зал и своды – к более позднему времени, когда собор восстанавливал после землетрясения мастер Иоганн фон Гмюнд. Помимо богослужений и религиозных процессий, крипта использовалась в Средние века также как место захоронения базельских епископов. В крипте и сегодня стоит саркофаг епископа Рудольфа, убитого в 917 г. при нашествии венгров. В восточной крипте сохранилось два портрета епископов романской эпохи, созданные в 1200 г. Гиды обращают внимание также на росписи сводовапсид, выполненные в готическом стиле около 1400 г. Этот цикл фресок изображает сюжеты из жизни св. Анны и св. Иоакима, св. Маргариты и св. Мартина, а также Девы Марии (представлены сцены рождения Христа, поклонения волхвов, бегства в Египет и коронования Богоматери).