Полигональная алтарная часть (хор) Базельского мюнстера располагается с северо-восточной, а не восточной стороны, как это обычно бывает. Позади алтарной части находится высокий открытый бастион с террасами, именуемый Pfalz, который служит самой известной в Базеле смотровой площадкой. С нее открывается вид на Рейн и Малый Базель, в хорошую погоду видны даже Вогезы и Шварцвальд, хорошо видна алтарная часть самого собора. В нижней части мощных контрфорсов прорезаны слегка заостренные арки, через которые можно свободно пройти. Нижний ярус массивной алтарной части выполнен в романском стиле. Он относится к концу XII в., украшен богатым скульптурным декором: гротескными фигурками людей и фантастических существ на консолях. Стены и окна украшают резные львы и слоны. Сейчас их можно увидеть в базельском зоопарке, но средневековые скульпторы такой возможности не имели и, скорее всего, опирались в своей работе на книжные изображения. Очень интересны романские капители колонн слепых арок, ряд которых тянется вдоль цоколя алтарной части. Завершает цокольную часть витой пояс фантастических резных орнаментов в романском стиле с изображением людей, диких и домашних животных, сцен охоты и различных сельскохозяйственных работ. Впечатляет разнообразие мотивов, фантазия и высочайшее мастерство средневековых скульпторов, создавших эти декоративные сюжеты, напоминающие живописные буквицы старинных рукописных книг. Два верхних этажа алтарной части были построены после землетрясения 1356 г., уже в готическом стиле. Живописный готический клуатр, или обходная галерея XV в., примыкающая к собору с южной стороны, является особой достопримечательностью Базельского мюнстера. Этот крестовый ход не простой, а двойной: состоит из Большого и Малого клуатров, между которыми располагается просторный проходной зал. Особенно красивы декорированные своды с красочными ключами, изображающими гербы знатных семейств или фигуры святых. Гиды обычно обращают внимание туристов на ажурные переплеты окон, выходящих в сад (внутренний двор) Большого клуатра. До Реформации клуатры использовались в литургических целях, здесь находилось несколько алтарей, где проходили богослужения и останавливались религиозные процессии соборного капитула. Большой клуатр является наиболее изящным и нарядным во клуатром всей Швейцарии и содержит выдающиеся образцы позднеготической скульптуры. Средневековая традиция использовать клуатр как место погребения сохранилась вплоть до XIX в. Здесь похоронены многие выдающиеся люди, в том числе члены городского совета, ученые, купцы. В числе покоящихся – гуманист Томас Платтер (1499–1582 гг.), бургомистр Рудольф Веттштайн (1594–1666 гг.), философ Исаак Изелин (1728–1782 гг.), математик Якоб Бернулли (1655–1705 гг.). У входа в клуатр установлена статуя реформатора Иоганна Эколампадия (1482–1531 гг.). На стене в западном крыле есть крупное произведение позднеготического искусства, дошедшее до нас, правда, в довольно ветхом виде: надгробие Вольфганга фон Утенхайма, скончавшегося в 1501 г. Это многофигурное надгробие с изображением сцены Распятия сильно пострадало во время иконоборческого вандализма в 1529 г. и длительное время пролежало под слоем штукатурки; его обнаружили лишь в 1870 г. В верхней части памятника заметны следы цветной росписи, некогда покрывавшей композицию. Центральную часть занимает эпитафия с латинским текстом и изображением капеллы, где молится коленопреклоненный усопший в рыцарском облачении. На основном поле композиции изображен распятый Иисус и трое солдат, которые бросают жребий, разыгрывая в кости его одежды. Слева Христа оплакивают святые жены, Мария Магдалина и апостол Иоанн. Справа стоит сотник Лонгин и разные святые. Композицию обрамляет архивольт с фигурами пророков.