В списке шлиссельбургских узников 14 октября 1794 г. он значился как отбывающий заключение «за перевод развращенных книг». Несмотря на попытки начальства облегчить условия заточения, Багрянский разделял лишения Новикова «от определенного им к содержанию малого числа кормовых». По указу Павла I 7 ноября 1796 г. был освобожден вместе с Новиковым, с которым уехал в Авдотьино. 9 марта 1797 г. Медицинская коллегия направила его в Ярославль губернским врачом. С 18 августа 1800 г. он стал инспектором Ярославской врачебной управы, а с 9 июня 1802 г. переведен в Москву инспектором Московской медико-хирургической академии. В 1806 г. при соединении Московской академии с Петербургской был назначен инспектором Медицинской конторы. С 31 декабря 1806 г. Багрянский – надворный советник. В 1808 г. был переведен в Московское отделение академии инспектором, а 6 июля 1809 г. избран ученым секретарем при Конференции Московского отделения академии с сохранением должности инспектора «над поведением воспитанников». Умер 6 июня 1813 г. от «жестокой болезни». Багрянский известен и как переводчик. В 1780-е гг. с латинского языка перевел «Слово о избрании выгодных мест для построения вновь городов в рассуждении здравия человеческого» (1781). В 1782 г. в числе других «питомцев Московского университета» сотрудничал в журнале «Вечерняя заря». В издании Новикова «Городская и деревенская библиотека» (1782) была помещена переведенная Багрянским с французского языка «португальская повесть» «Инеса де Кастро», рассказывавшая о любви и трагической гибели добродетельной героини. Включенные в текст повести стихи, принадлежавшие якобы одному из героев, прославляли всемогущество любви. В его переводе (иждивением Н.И. Новикова) было опубликовано философско-нравоучительное сочинение «Похвала Сократу, произнесенная в обществе человеколюбцев» (1783). Багрянский принял участие в переводе масонской книги Дузетана «Таинство креста Иисуса Христа и членов его» (1784), конфискованной при аресте Новикова и сожженной в 1793 г. по указу Екатерины II. Во время следствия по делу Новикова выяснилось, что книга была привезена И.Е. Шварцем «из чужих краев». «Ее переводили двое, – свидетельствовал Н.Н. Трубецкой, – а именно Кутузов и Багрянсккй, а потом она была с оригиналами прочитываема Тургеневым, Гамалеем, Новиковым и прочими – кто, бывало, тут случится». «О сей книге, – сообщал И.П. Тургенев, – еще мы ведали от покойного барона Рейхеля; переводил ее с французского доктор Багрянский, а с немецким сличал я с Кутузовым». Багрянский перевел также сочинение Фомы Кемпийского «О подражании Иисусу Христу». Очевидно, именно этот перевод, сделанный с латинского языка, включен в «Избранную библиотеку для християнского чтения». Багрянскому принадлежит также перевод объемистого труда К.-Ф. Милло «Древняя и новая история, от начала мира до настоящего времени» (1785). Включив это сочинение в число «сумнительных», архиепископ Платон Левшин писал о нем: «Во многих местах находятся выражения, для истинной религии оскорбительные и соблазнительные; и, кажется, вся история одушевлена духом, христианству мало приятствующим – все же тому противное выхваляющим и возвышающим». После освобождения из крепости Багрянский помогал Новикову в переписке, а может быть, и переводе некоторых мистических сочинений. Так, в письме к А.Ф. Лабзину от 28 января 1804 г. Новиков упоминал рукопись «Жизнь Иоанна Бюниана» (об английском пуританском проповеднике Д. Беньяне), «списанную Багрянскою рукою» и посланную Новиковым Г.М. Походяшину. Багрянский сотрудничал и в журнале М.И. Невзорова  «Друг юношества». Он принадлежал к числу людей, близких Новикову по своим гуманистическим убеждениям. Но литературно-переводческая деятельность занимала в жизни Багрянского второстепенное место, поскольку он посвятил себя, прежде всего, медицине.