К концу XIX в. библиотека состояла из печатных книг (около 80 тыс. названий, свыше 150 тыс. томов) и рукописей (4116). Общего печатного каталога библиотека не имела. Первый рукописный каталог был составлен в 1804–1806 гг. Потом он постепенно пополнялся, но довольно неисправно, так что в 1863 г. библиотека пользовалась еще каталогом 1834 г. Только с 60-х годов XIX в. библиотека начинает обзаводиться систематическими литографированными каталогами в незначительном количестве экземпляров исключительно для пользования профессоров и студентов. Позже появились каталоги книг на древних языках – основной (составленный профессором В.В. Карповым до 1863 г. и отлитографированный в 1882 г.) и supplementum (составленный иеромонахом Владимиром в 1863–1865 гг., дополненный А.С. Родосским и литографированный в 1883–1884 гг.), а также каталоги книг на новых иностранных языках: основной (составленный иеромонахом Владимиром, литографированный 1864 г.) и дополнительный (составленный А.С. Родосским, литографированный в 1889 г.), и каталоги русских книг: также основной (составленный Владимиром) и дополнительный (1888 г., составленный Родосским). Кроме того, в 1863–1867 гг. Т.В. Барсовыми был составлен каталог книг митрополита Григория, который потом послужил основой русского дополнительного каталога. Для того, чтобы сделать известными вновь поступающие книги, еще до составления «дополнительных» каталогов был отпечатан «Систематический указатель книг, поступивших за время с 1867 по 1873 гг.», а с 1874 г. с той же целью печатались ежегодно алфавитные указатели. Отдельно напечатаны А.С. Родосским «Каталог книг бывшей библиотеки прот. Сидонскаго» в 3-х частях (1886–1888 гг.) и «Каталог книг печатных и рукописных библиотеки профессора Маттеи» (1885 г.). Для старопечатных книг как церковной, так и гражданской печати существовали подробные описания А.С. Родосского «Описание старопечатных, и церковно-славянских книг...» (1884–1893 гг.) и «Описание книг гражданской печати XVIII столетия» (1899 г.). Что касается рукописного собрания, то оно состояло из 4-х отделов: рукописи, поступившие до 1359 г. (первое по времени собрание); библиотека Софийского собора; библиотека Кирилло-Белоозерского монастыря и позднейшее собрание (рукописей, поступившие после 1859 г.). Из этих отделов лишь первый имеет описание, составленное А.С. Родосским («Описание 432 рукописей», 1894 г.), для остальных существовали лишь рукописные каталоги. Основанием библиотеки Московской духовной академии послужило книжное наследство, полученное академией при ее основании от упраздненных тогда же бывшей славяно-греко-латинской академии (собрания Гавриила Бужинского, епископа Кондоиди, епископа Лаврентия Горки, игумена Вениамина, епископа Геннадия и др.), где книжное богатство накоплялось в течение 130 лет, и Троицкой лаврской семинарии, которая собирала его в течение 70 лет. В 1762 г. она имела уже «библиотеку знатную», а в 1802 г. насчитывала 6 тыс. книг. Кроме того, тогда же академии было предоставлено право выбрать нужные ей книги из Московской Синодальной (123 книги) и Новиковской (314 книг и 37 рукописей) библиотек. Затем в нее поступили книжные собрания архиепископа Мефодия Смирнова (1816 г.; около 1000 книг, 280 иностранных); московского архиепископа Августина (1823 г.; около 500 книг, 381 иностранных), тобольского архиепископа Афанасия (1842 г.), митрополита Филарета (в разное время 1821–1867 гг.; рукописи и бумаги, после смерти – 90 рукописей и 1888 печатных книг), графа Муравьева (1842–1865 гг.; в разное время много ценных рукописей и книг), а также И.М. Высоцкого (1853 г., – около 300 книг преимущественно медицинских). В 1859 г. по ходатайству ректора академии А.В. Горского в библиотеку поступила лучшая часть книжного собрания Иосифово-Волоколамского монастыря (236 наименований). В 1854 г. после открытия миссионерского отделения из Московской Синодальной библиотеки и Московской консистории поступили старопечатные книги (224) и рукописи (240), отобранные у раскольников. Такие же поступления повторялись в 1856, 1859, 1862 и 1863 гг. В 1861–1863 гг. поступили старопечатные книги из библиотеки Московской синодальной типографии (151 наименование).