В 1859 г. большая и лучшая часть Волоколамской библиотеки поступила в Московскую духовную Академию, часть – в другие места, и позже в монастыре оставалось лишь небольшое число рукописей (33), наиболее ценных, написанных самим преп. Иосифом, и др. Библиотека Киево-Софийского собора составлялась большей частью из собраний киевских митрополитов, особенно митрополита Евгения. Большинство книг – старопечатные, преимущественно богослужебного содержания. Библиотека Киево-Печерской Лавры (богатая в древности) потеряла почти все свои книжные сокровища во время татарских нашествий, польско-казацких войн и пожаров (особенно 1718 и 1772 гг.). Из монастырей и церквей южной России обладали значительными книжными собраниями Почаевская Лавра, киевские монастыри (Златоверхо-Михайловский, Никольский, Выдубицкий); волынские (Дерманский, Мелецкий, Загоровский, Любарский, Тригурский); Межирецкая церковь в предместье города Острога и др. Из церковных библиотек в северной России в древности особенным богатством славилась Софийская Новгородская библиотека, библиотека Кирилло-Белоозерского монастыря и библиотека Соловецкого монастыря. Но позже большую часть своих книжных сокровищ они передали в Санкт-Петербургскую и Казанскую духовные академии. Софийская Новгородская библиотека образовалась из двух древних библиотек: Софийского собора и Новгородских архиереев и помещалась в ризнице собора. В начале XVII в. она была очень богатой, что видно из ее описания, сохранившегося от того времени. Потом начался обычный процесс перехода рукописей в центральные учреждения. Начиная с эпохи книжного исправления, книги много раз отправлялись в Москву – в Синодальную и другие библиотеки. В царствование Екатерины II при разборе исторических рукописей многие из них перешли к Мусину-Пушкину, богатое собрание которого сгорело в 1812 г. Библиотека Софийского собора снова стала обогащаться с 1764 г., когда после учреждения штатов монастырей в нее стали поступать библиотеки упраздненных монастырей (Ферапонтова, Ниловой пустыни и др.). В конце XVIII в. в нее поступила часть рукописей Кирилло-Белоозерского монастыря. Устойчивый вид библиотека получила лишь в 1785 г., когда по указу митрополита Гавриила (1775 г.) был составлен ее каталог, хотя в 1791 г. еще раз несколько рукописей было вытребовано в Синодальную библиотеку. Библиотека Кирилло-Белоозерского монастыря (одна из богатейших в древней Руси) постепенно отдавала свои сокровища другим учреждениям: в XVII в. некоторые рукописи были переданы в Софийскую библиотеку, в Московскую Синодальную, в Ново-Иерусалимскую и др. В XVIII в. по указам Петра Великого и Екатерины II много книг было взято в Синод. При всем том в конце XVIII в. число книг доходило до 3 тыс., однако уже в 40-х гг. XX в. их было не более 2 тыс. В 1859 г. большая часть библиотеки была передана в Санкт-Петербургскую духовную академию. Библиотека Соловецкого монастыря по своему происхождению относится к концу XV в. Сохранились книги, принадлежавшие преп. Зосиме и Герману. Тогда же в Новгороде в течение нескольких лет жил монах Досифей, деятельно занимавшийся собиранием и списыванием книг для своей обители. Затем библиотека, как и обычно, увеличивалась посредством вкладов, которых было очень много, т.к. монастырь пользовался особым уважением. Немалое значение имел и тот факт, что он долгое время служил местом ссылки еретиков и религиозных вольнодумцев. В 1855 г. большая часть библиотеки поступила в Казанскую духовную академию. Из монастырских и церковных книжных собраний северной России еще были известны библиотеки Антониева Сийского монастыря, Кириллова Новоезерского монастыря, Александрова Свирского монастыря, Ниловой Столбенской пустыни, Флорищевой пустыни, Колязина монастыря, архиерейского дома и Петропавловского собора в Петрозаводске, Суздальского Спасо-Евфимиева монастыря, Новоторжского Благовещенского монастыря, Нижегородского Благовещенского монастыря. Следует упомянуть еще о Выголексинской старообрядческой библиотеке. Библиотеки духовных учебных заведений и, главным образом, духовных академий открывались при самом их зарождении и расширялись по мере расширения их курса. Духовным Регламентом было поставлено в обязательство, «чтоб при школах быть библиотеке довольной, ибо без библиотеки – как без души академия». Однако особой суммы на это сначала ассигновано не было, и библиотеки пополнялись случайными пожертвованиями.