Новый взгляд на Священное Писание как на единственный источник вероучения, сформированный к 1520 г. М. Лютером и У. Цвингли (1484–1531 гг.), привел к отказу от традиции святоотеческой и средневековой экзегезы. Лютер отвергал мысль о наличии четырех смыслов в Писании, ограничивая задачу толкования выяснением прямого смысла текста. Систематизатор протестантской герменевтики М. Флаций утверждал, что единственный буквальный смысл Священного Писания тот, который воспринимали первые читатели библейского текста. Продолжателем традиции гуманистического прочтения Библии стал Гуго Гроций, который изучал Библию как литературно-исторический памятник. Его «Примечания к Ветхому Завету» (1644 г.) стали первым комментарием, в котором главное внимание уделялось филологии, истории и жизни Древнего Израиля, а не богословскому содержанию. В комментарии на Новый Завет он сопоставлял новозаветную историю с античной. Немецкий гуманист И. Камерарий (1500–1574 гг.) в исследовании языка Нового Завета обращался к классической античной литературе без учета святоотеческой. Дж. Лайтфут (1602–1675 гг.) впервые сопоставил тексты Нового Завета с произведениями раввинистической литературы. Представители европейской рационалистической философии осуществили первые опыты исследования Ветхого Завета методом высшей критики, высказав мысли о происхождении Ветхого Завета и его отдельных книг. Т. Гоббс («Левиафан». 1651 г.) утверждал, что свидетельства об авторах библейских книг следует извлекать из самих текстов, поэтому Пятикнижие не могло быть написано Моисеем. Б. Спиноза в «Богословско-политическом трактате» предлагал программу новой дисциплины, которую он назвал «История Священного Писания». Один из отделов этой науки «должен описать для всех пророческих книг обстоятельства их написания, т.е. жизнь, характер и цели авторов каждой книги, кто он был, что послужило поводом к написанию книги, когда он писал, к кому обращался и на каком языке». Спиноза делает вывод, что 12 книг от книги Бытие до 4-й книги Царств написаны Ездрой, а ветхозаветный канон составлен фарисеями в эпоху Маккавеев. Католический священник Р. Симон в «Критической истории Ветхого Завета» (1678 г.) предположил, что свою окончательную форму книги Ветхого Завета получили под рукой переписчиков. Коллективным автором некоторых частей Ветхого Завета он считал гильдию общественных писцов. Эти воззрения были резко отрицательно приняты в католической среде, а книга Р. Симона была конфискована и уничтожена. Особое место вопросы религии занимали в деистическом мировоззрении. В поисках «естественной религии» деисты подвергали резкой критике исторически существующие религиозные системы. Так, в Ветхом Завете они обнаружили противоречия с христианской моралью, а в Новом Завете их замешательство вызывали чудеса. Если для Дж. Локка чудеса, несовместимые с нормальным человеческим опытом, служили доказательством божественного происхождения Священного Писания, то Т. Вулстон полагал, что чудеса могут быть поняты лишь аллегорически. Со времен Реформации в среде протестантских богословов возникло убеждение, что умозаключения и выводы о библейских текстах могут быть сделаны независимо от авторитета церкви. Цели изучения Библии, согласно этому убеждению, должны быть те же, что и в прочих научных дисциплинах, равным образом и методы должны быть строго позитивными, оправдавшими себя в изучении латинской и греческой античности. Выражение этих идей можно найти, в частности, у протестантского богослова и филолога И.А. Турретини (1671–1737 гг.), который настаивал на том, что толкование Священного Писания должно следовать конкретным особенностям библейской книги, а не церковной догматике (1728 г.). Лейпцигский богослов и филолог И.А. Эрнести (1707–1781 гг.) первый ограничился в толковании Нового Завета лингвистическим анализом и отказался от церковной традиции его понимания (1761 г.).