В таком положении вопрос относительно канона находился до середины XVIII в., когда рационализм, порвав с верой в Откровение и в богодухновенность Священного Писания, начал свою деятельность и накопил много возражений против подлинности, целости и достоверности как отдельных книг, так и относительно Священного Писания вообще. Однако критики (Землер, Гризбах, Михаэлис и Эйхгорн) встретили дружный и основательный отпор и от католиков (Ян и Гусс), и от ортодоксальных протестантов (Генгстенберг, Геферних, Гэрне, Делич, Каспари). Дело старых рационалистов продолжали Бертольд, Де Ветте, Креднер, Рейс и др., которые высказали много произвольных, личных и даже в самой рационалистической школе спорных взглядов. Совершенно новую эпоху в области отрицательного направления составили работы Ф. К. Баура и другие представители основанной им Тюбингенской школы. Баур (1792–1860 гг.), отвергнув и церковные, и прежние рационалистические положения, от внешней критики перешел к внутренней, сосредоточив все внимание на духе, характере и тенденции Библии, и благодаря своему методу произвел в каноне великие опустошения. Не отрицая его философского глубокомыслия и удивительного остроумия, подавляющую ученость и непобедимую диалектику, оппоненты признают, однако, что добытые им результаты не отличались прочностью и устойчивостью (не только рационалисты не приняли целиком положений Баура, но даже в самой Тюбингенской школе результаты его исследований были значительно ограничены и смягчены). Установленная исторической наукой последовательность книг Нового Завета не совпадает с канонической: считается, что первым появилось в 68–69 гг. Откровение Иоанна Богослова (авторство приписывается апостолу и евангелисту Иоанну, хотя уже в III в. возникли сомнения в этом). На рубеже I–II вв. были написаны некоторые из Посланий апостолов (из 14 посланий Павла, по мнению ученых, только 4–5 могут принадлежать одному автору). Евангелия появились в середине I в. – 80-х гг. II в. В начале второй половины II в. – Деяния апостолов (богословы считают их автором евангелиста Луку, а историки полагают авторство анонимным) и остальные Послания. Содержание Нового Завета (особенно Евангелий) сводится к описанию жизни, деятельности и учения Иисуса Христа. В Деяниях апостолов показаны условия формирования и истоки христианства, история возникновения первых христианских общин в результате деятельности апостолов, прежде всего Петра и Павла. Новый Завет выражает также в посланиях апостолов и в Апокалипсисе философские взгляды членов раннехристианских общин, представляет принципы, определяющие их верования, особенности культа, мораль, общественную жизнь в целом. Изначально текст Библии не был поделен на главы и стихи, что затрудняло его литургическое и любое другое культовое и внекультовое применение. Однако еще в первые века нашей эры был поделен на отрывки ТаНаХ, а в древних списках Септуагинты и Нового Завета наличествуют так называемые перикопы как один из вариантов не ставшего общепринятым деления. «Перикопа» (от греч. «обрубание по краям») содержала один логически цельный повествовательный эпизод, например притчу. Чтение перикоп с XVI в. вошло в практику лютеранской церкви. Евсевий Кесарийский (около 263/265 – около 340 гг.), перу которого принадлежат апологетико-библеистические труды «Приготовление к Евангелию» и «Доказательство в пользу Евангелия», разделял тексты Евангелий: от Матфея – на 355, от Марка – на 233, от Луки – на 342 и от Иоанна – на 232 пронумерованных отрывка, составив из них сводную таблицу параллельных и общих мест Четвероевангелия – Canones Evangeliorum, до сих пор помещаемую в качестве необходимого приложения в любое современное издание Вульгаты и Novum Testamentum Graese.