Для следующего периода, переходного от греческого к кушанскому, важнейшее значение имеют Халчаян (в Южном Узбекистане) – по мнению исследователей, храм обожествлённых предков местной династии с многофигурными скульптурными композициями – и некрополь Тилля-тепе (в Северном Афганистане), в котором найдено около 20 тыс. предметов из драгоценных металлов. Кушанская эпоха представлена большими городами Дальверзин (Узбекистан) и Дильберджин (Афганистан) и династийным кушанским храмом Сурхкоталь. С первых веков н.э. буддизм, видимо, занимал ведущее место в религиозных верованиях бактрийцев. Раскопки буддийских святилищ и монастырей в Кара-тепе и Фаяз-тепе в Старом Термезе дали образцы скульптуры и живописи, принадлежащие этому периоду. К VI–VII вв. н.э. исследователи относят скульптуру из Аджина-Тепе (в Южном Таджикистане), включая гигантскую статую лежащего Будды. Древнейшее сообщение о распространении в Бактрии христианства содержится в сочинении «Книга законов стран», написанном Бардесаном Эдесским или его учеником Филиппом в начале III в. н.э. На территории Бадхыза (между Гератом и Мерверудом, в районе современной границы между Афганистаном и Туркменией), как рассказывает «Хроника Сеерта», в конце V в. персидский шах Кавад бежал к «тюркам», и именно христиане помогли ему в пути. В середине VI в. христиане, депортированные персами из некоторых сирийских городов, были переданы гуннам-эфталитам и поселены здесь же. Они распространили христианское вероучение среди гуннов. К ним несколько раз прибывали епископы из Армении, однако местные христиане просили епископа у несторианского патриарха Мар Абы (в 549 г.), который, как говорится в его жизнеописании, был этим очень обрадован. Косма Индикоплов, сообщая в «Христианской топографии» о гуннах-христианах, имел в виду, как полагают исследователи, это событие. Интересное свидетельство о христианстве в Бактрии дают и материалы из Китая. Памятная стела, установленная в честь начала христианской миссии в Китае и датируемая 781 г., упоминает «Милиса, священника из Балха, города в Тохаристане». К числу археологических свидетельств исследователи относят небольшой скальный монастырь VI–VII вв., расположенный на юге Таджикистана (возле села Айвадж). В одной из келий потолок выполнен в виде купола, в центре которого сохранилось изображение типичного несторианского креста. На территории Термеза было раскопано здание (X–XII вв.), которое принадлежало, как полагают исследователи, христианской общине, т.к. живописный декор его содержит большое изображение креста.