Крупным центром старообрядчества в начале XVIII в. стали окрестности Стародуба: на земли Стародубского казачьего полка переселилось большое число старообрядцев с Ветки (современная Гомельская область), после того как в 1735–1736 и 1763–1764 гг. власти разгромили их поселения. Ведущая роль на Брянщине среди старообрядцев принадлежала беглопоповцам, во второй половине XIX в. беглопоповцы делились на множество согласий: лужсковское, «перемазанское», дьяконовское. В настоящее время в Брянской области действует пять приходов Русской Древлеправославной церкви (беглопоповцы): в городах Новозыбков, Злынка, посёлке Климово, два сельских прихода в Стародубском районе, а также Троицкий мужской монастырь в селе Каменка Злынковского района. С 1963 г. глава Древлеправославной церкви (с марта 2002 г. – Древлеправославный патриарх московский и всея Руси) имеет свою резиденцию в Новозыбкове. На территории Брянской области действуют три прихода Русской православной старообрядческой церкви (Белокриницкая иерархия): в городах Новозыбков, Клинцы и посёлке Климово, – входящие в Клинцовскую и Новозыбковскую епархию. В Злынке существует община беспоповцев. Российская православная свободная церковь имеет в Брянской области одну общину (возникла в 1990 г.) при Ильинской церкви в городе Трубчевске, входящую в Тульскую епархию. Католическая община сложилась в Брянске в период Первой мировой войны из числа польских беженцев и просуществовала до середины 1930 гг. В декабре 1998 г. была зарегистрирована как приход Непрестанной помощи Божьей Матери. Общины евангельских христиан и баптистов появились на Брянщине в конце XIX в. среди рабочих – выходцев с Украины; к 1944 г. число таких общин было незначительным. В настоящее время в Брянской области зарегистрирован областной совет объединения евангельских христиан, 15 баптистских общин и Библейский колледж, кроме того, в районах области действуют без регистрации около сорока баптистских общин. Христиане веры евангельской (см. Пятидесятники) появились в Брянской области в 1968 г., сегодня они имеют религиозный центр и 12 общин. Существует также община пресвитериан (см. Пресвитерианство) в городе Унеча (зарегистрирована в 2000 г.), а также несколько религиозных объединений, которые относят себя к разным направлениям протестантизма. Большинство протестантских общин находятся в городах Клинцы, Унеча, Дятьково и поселках Клетня, Навля, Суземка. Появление в конце XVIII в. иудейских общин на территории современной Брянской области исследователи связывают с тем, что отдельные ее районы (бывший Суражский, Мглинский, Новозыбковский и Стародубский уезды Черниговской губернии) входили в черту осёдлости (существовала в 1791–1917 гг., была границей территории, на которой разрешалось постоянное жительство евреям). В настоящее время зарегистрированы шесть иудейских объединений в городах Брянск, Клинцы, Новозыбков и Унеча. Новые религиозные движения появились в Брянской области в 1990 гг. Некоторые религиозные объединения – Новоапостольская церковь (с 1995 г.), христиане-адвентисты седьмого дня (с 1990 г., в настоящее время существует семь общин), свидетели Иеговы (с 1999 г. действует одна община), харизматические протестантские общины, объединения под названием «Церковь полного Евангелия» – прошли регистрацию. Саентологическая церковь (действует как центр «Дианетики» с 1994 г.; см. Саентология), Международное общество сознания Кришеы (с 1994 г.) и церковь объединения (с 1993 г.; см. Мун Сан-Мён) действуют без регистрации. Большинство общин новых религиозных движений находятся в Брянске.