С 13 октября 1919 г. по 13 февраля 1920 г. состоял членом комиссии духовно-учебных заведений Петроградской епархии. В феврале 1920 г. участвовал в открытии Петроградского Богословского института, на содержание которого прихожане Исаакиевского собора под руководством Л.К. Богоявленского собирали значительные суммы. В 1921 г. участвовал в устроенной Богословским институтом панихиде по Фёдору Михайловичу Достоевскому, которую возглавил ректор протоиерей Николай Кириллович Чуков (см. Григорий, Чуков). С 1920 г. по апрель 1922 г. был членом правления общества православных приходов Петрограда и губернии. Арестован 29 апреля 1922 г. по делу «о сопротивлении изъятию церковных ценностей», 5 июля Петроградским губревтрибуналом приговорён к высшей мере наказания. Обновленческое Высшее церковное управление 14 июля 1922 г. постановило освободить Л.К. Богоявленского от занимаемых должностей и лишить священнического сана. Определением Кассационной коллегии Верховного трибунала ВЦИК от 26 июля 1922 г. казнь была заменена пятью годами лишения свободы. Л.К. Богоявленский отбывал срок в петроградской тюрьме «Кресты», освобождён по амнистии 21 августа 1923 г. В конце 1923 г. служил в церкви князя Александра Невского в посёлке Подобедовка Тосненского района (станция Поповка) под Петроградом. В 1924 г. назначен настоятелем церкви Рождества Христова на Песках (разобрана летом 1934 г.). Вновь арестован 8 сентября 1926 г., в ноябре привлечён к суду по обвинению в участии в смертных казнях в «Крестах» и «содействии борьбе против революционного движения». Об освобождении Л.К. Богоявленского ходатайствовал известный писатель-публицист Павле Елисеевич Щёголев, был отпущен на свободу 1 декабря. С 14 ноября 1927 г. по осень 1928 г. Л.К. Богоявленский состоял председателем, в 1929–1930 гг. – членом, а в 1931–1933 гг. – секретарём Временного Ленинградского епархиального совета. С мая 1928 г. служил в Николо-Богоявленском соборе, в январе 1929 г. был назначен настоятелем Троицкого Измайловского собора. В марте 1933 г. при паспортизации выслан из Ленинграда, проживал на станции Поповка Тосненского района Ленинградской области, где и был арестован 11 марта 1935 г. 17 марта особым совещанием НКВД СССР приговорён вместе с женой к ссылке на пять лет в город Тургай (Казахстан) как социально опасный элемент. Проживал на положении ссыльного в городе Кустанае. Арестован 5 ноября 1937 г. по обвинению в антисоветской деятельности. Расстрелян по приговору тройки УНКВД по Кустанайской области от 20 ноября.