После введения академического устава 1910 г. должен был покинуть академию по возрастному ограничению, но по ходатайству Совета Казанской духовной академии был оставлен на первой кафедре Священного Писания Нового Завета с 31 июля 1910 г. по 16 августа 1911 г. сверхштатным заслуженным ординарным профессором. Указом Святейшего Синода от 10 ноября 1911 г. ему предоставлено право читать лекции в качестве сверхштатного профессора, после окончания 1913/1914 учебного года он был вынужден по болезни оставить преподавательскую деятельность. Являлся почётным членом Киевской духовной академии (1914 г.) и Петроградской духовной академии (1915 г.). В 1907–1915 гг. под руководством П.А. Юнгерова М.И. Богословский принимал активное участие в труде по переводу Ветхого Завета на русский язык с Септуагинты (LXX). С 1897 г. неоднократно указывал на преимущество LXX в сравнении с Месопотамским Талмудом (МТ), где текст в большинстве мессианских мест повреждён. Из-за этого, по мнению М.И. Богословского, Синодальный перевод, сделанный с МТ, оказался искажённым в сравнении с церковнославянским текстом, это «приводит в смущение не только простецов, но и образованнейших людей» и осложняет борьбу пастырей с сектантами-духоборцами. В исследовании «К истории новозаветного текста» (1876–1877 гг.) М.И. Богословский приходит к выводу, что в происхождении вариантов новозаветного текста нельзя видеть еретической тенденции намеренного его искажения, и что «ни одна рукопись не потерпела еретического повреждения». Своеобразным продолжением докторской диссертации М.И. Богословского стало историко-экзегетическое и апологетическое исследование «Общественное служение Господа нашего Иисуса Христа, по сказаниям святых Евангелистов». В рецензии на это сочинение, выдвинутое на премию митрополита Макария, П.А. Юнгеров писал: «В русской, переводной… и оригинальной, литературе нет соответствия и параллели обозреваемому исследованию, ни по детальности и научности, ни по глубоко православно-богословскому характеру и направлению». За это сочинение, о котором также положительно отзывались Дмитрий Иванович Богдашевский (впоследствии архиепископ Василий) и профессор Санкт-Петербургской духовной академии Александр Александрович Бронзов, М.И. Богословский получил в 1909 г. половинную премию митрополита Макария. Оставаясь в границах традиционной православной новозаветной исагогики и экзегезы, М.И. Богословский критиковал рационалистические воззрения на евангельскую историю, в частности, взгляды Льва Николаевича Толстого и представителя (новой) тюбингенской школы богословия Адольфа фон Гарнака. В качестве авторитетного учёного М.И. Богословский писал рецензии на докторские диссертации и сочинения, выдвигаемые на различные премии и рекомендованные в качестве учебной литературы. М.И. Богословский – автор многочисленных статей, посвящённых, в основном, хронологически последовательному изучению жизни Иисуса Христа и толкованию сложных мест новозаветных текстов, апостольских посланий. Следовал, прежде всего, святоотеческой традиции православной экзегезы, его трудами был осуществлён перевод толкований Феофилакта Болгарского на послания апостола Павла к Галатам, Ефесянам, Филлипийцам, Колоссянам, Солунянам и Тимофею (1882–1889 гг.). По отзыву П.А. Юнгерова, «этот перевод отличается точностью, правильностью, чистотою речи». Скончался М.И. Богословский от воспаления лёгких. Чин отпевания М.И. Богословского совершил архиепископ Иаков (Пятницкий) 7 июля 1915 г. в Богоявленской церкви города Казани. Погребён на Арском кладбище города Казани.