Военные картографы смогли идентифицировать ряд древних городов, например, Беф-Сан, в районе которого отмечена арабская деревня Бейсан, передвинувшаяся с первоначального телля на соседнюю вершину; позже, при раскопках на Телль-эль-Хусн вблизи Бейсана, была обнаружена стела фараона Сети I с похожим названием. Много сведений по топонимике и исторической географии даётся в сводках археологических памятников, издаваемых Израильским департаментом древностей и музеев в бюллетене «Йалкут Ха-Пирсумим» (первый список опубликован 18 мая 1964 г. и обновлялся с того момента не менее 14 раз). В материалах отражается история топонима, предлагаются привязки к системе координат «израильской сетки», указаны все известные названия местности – от современного на иврите и арабского до местных неофициальных (в английской транскрипции), даются пояснения к карте и краткие описания руин, а также номера по государственному земельному кадастру. Кроме картографии инструментом изучения библейской географии со второй половины XX в. стала развивающаяся геоэкология – всестороннее исследование природных условий (геологии, геоморфологии, климата, флоры, фауны) и их трансформации под воздействием усилий человека в Сиро-Палестинском регионе. Уже в 1960–1970 гг. отдельные районы рассматривались как экологически целая физико-географическая система с общими характеристиками. Современный атлас обычно даёт информацию в виде исторических карт с нанесёнными библейскими топонимами, со сводом кратких сведений о них, а также с естественнонаучными данными: о физической географии, об осадках и о климате, о топографии. Атласы содержат также схемы, планы, реконструкции, фотографии, постоянно обновляемые данные о переменах в идентификации мест и новых археологических открытиях. Больше всего атласов выпускают в США, европейских странах и Израиле; они часто являются продукцией международных организаций или издаются на нескольких языках сразу. Очень популярным учебным атласом с 1980 гг. стал «Новый атлас Библии» под редакцией Дж. Бимсона, Дж. Кейна, Дж. Патерсона и Д. Уайзмена (1985 г.), содержащий кроме карт обширный раздел по проблемам исторической географии, отражающий методы локации топонимов. Ряд переизданий выдержал более консервативный оксфордский атлас; атласы Эрдмана, Бейкера и Хаммонда, несмотря на то что некоторые из них заявлены как специально географические, зачастую содержат, по мнению исследователей, устаревшие данные. Среди атласов, предназначенных для специалистов по проблемам библейской географии и для исследовательской работы, выделяют собственно географические: «Atlas of the Bible» (1985) и The Moody Atlas of Bible Lands (1985; в последнем подробно описаны природные условия Святой земли (геология, гидрология, климат) и отражены достижения картографии 1970–1980 гг., памятники археологии представлены с консервативных позиций. Атлас Роджерсона в большей степени отражает сложившуюся ситуацию в науке. Своды памятников наряду с точными картами подробно представлены в атласах серии Зондерван (1989) и Харпера (карты не менее подробны, но, по мнению исследователей, перегружены графикой, 1987); в других атласах исследователи встречают явно устаревшие карты.