Фасады большинства храмов, возведённых по проектам И.Е. Бондаренко, были украшены майоликой мастерских «Абрамцево», в пластике построек заметно влияние новгородской архитектуры. Из гражданских сооружений по его проекту построены в Москве приют на Госпитальной улице (1906 г.), особняк на Пречистенской набережной, 3. И.Е. Бондаренко был организатором «Кружка любителей искусств» по изучению эпохи ампира (1908 г.), устроителем раздела «Москва в эпоху Отечественной войны» на юбилейной выставке в память войны 1812 г., одним из создателей «Исторической выставки архитектуры» (1913 г.), где были впервые представлены чертежи Дементия Ивановича (Доменико) Жилярди и Афанасия Григорьевича Григорьева, найденные им в Императорском Российском Историческом музее. После 1917 г. И.Е. Бондаренко занимался организационной и историко-архитектурной работой. С 1918 г. – член коллегии по делам музеев и охране памятников искусства и старины Наркомпроса РСФСР. В течение двух лет возглавлял Комиссию по охране памятников искусства и старины Троице-Сергиевой лавры, в состав которой входили Юрий Александрович Олсуфьев, священник Павел Палександрович Флоренский. В 1919 г. И.Е. Бондаренко стал первым руководителем музея «Старая Москва». В 1919–1921 гг. был директором Управления художественных музеев в Уфе. В конце 1920 – 1930 гг. И.Е. Бондаренко вернулся к активной архитектурной практике, разработав и осуществив перестройку ряда музейных зданий и учреждений в Москве и в других городах. В 1945–1946 гг. участвовал в восстановлении Путевого дворца в Твери (архитектор Матвей Фёдорович Казаков). Работал в архитектурных подразделениях различных государственных учреждений, а также в Главном управлении охраны памятников архитектуры и в Музее русской архитектуры. И.Е. Бондаренко – автор ряда историко-архитектурных исследований по зодчеству Москвы, в том числе первой монографии о творчестве архитектора М.Ф. Казакова. В 1930 гг. написал мемуары, в которых отразилась художественная и культурная жизнь Москвы начала XX в.