Изображения католических святых в алтаре были заменены образами апостолов Петра и Павла. Изменилось живописное убранство храма, были записаны фрески 1761 г., выполненные монахом Иосифом с помощью мастеров Шульца и Прозора. Фрагменты росписей XVIII в. с композициями «Преображение», «Сон Иакова», «Несение Креста», «Орудия страстей Христовых», «Символы искусств» сохранились на стенах лестничной клетки кляштора – единственного сохранившегося до настоящего времени фрагмента построек монастырского комплекса. По ходатайству архимандрита Даниила (Ростовского; 1880–1891 гг.) Белыничскому монастырю в 1890 г. был отписан земельный участок в Старосельской даче, открыта церковноприходская школа. У монастырских ворот была поставлена часовня. При архимандрите Сергии (Богдановском) с 1891 по 1901 гг. проведён капитальный ремонт храма, настоятельских и братских келий. Сменивший его архимандрит Алипий (Кабанов; 1900–1907 гг.) построил вторую, трапезную, церковь во имя Алипия Печерского. Настоятель увеличил число монастырских певчих, для проживания которых в башнях храма устроили шесть келий. Заботясь о внутреннем убранстве собора, он сам выполнил многие фресковые росписи стен, написал несколько икон для иконостаса. Архимандрит Мельхиседек (Паевский) в 1907 г. открыл при Белыничском монастыре отделение епархиального миссионерского совета, архимандрит Арсений (Смоленец; 1907–1910 гг.) организовывал в монастыре чтения и собеседования, благодаря чему в 1910 г. к православию присоединилось несколько человек. Последний известный настоятель архимандрит Николай (Судзиловский) основал близ монастыря скит. Для многочисленных паломников были построены две гостиницы. По ходатайству жителей Могилёва с 1904 г. ежегодно 29–30 мая проходил крестный ход из Белыничского монастыря в Могилёв, для чего была написана копия чудотворной иконы. В начале XX в. братия Белыничского монастыря насчитывала около сорока человек. Около 1920 г. монастырь был закрыт, в 1930 гг. с переоборудованного под клуб храма был снесён купол. В 1941–1945 гг. в нём был кинотеатр. В 1953 г. храм был взорван, к 2002 г. сохранилась лишь часть лестничной галереи с фрагментами фресок. Во время Великой Отечественной войны утрачена чудотворная икона. 25 апреля 1991 г. Могилёвский  архиепископ Максим (Кроха) освятил в Белыничах храм в честь Белыничской иконы Пресвятой Богородицы, в котором находится её список.