После Греческого восстания 1821 г., вызвавшего волну гонений на православных по всей Османской империи, монастырь обезлюдел, многие его имения были утрачены. Возрождение обители началось при игумене Афанасии из Дамаска (1830–1842 гг.), который восстановил монастырь, упрочил его экономическое положение и открыл училище для арабских монахов, число которых тогда достигало 35 человек. Однако Антиохийский патриарх Мефодий усмотрел в деятельности Афанасия угрозу греческой гегемонии в патриархате и вынудил игумена оставить монастырь и переехать в Иерусалимский патриархат. В 1900 г. в Баламанде была открыта первая в Антиохийском патриархате православная духовная семинария. В начале XX в. она насчитывала 30–40 студентов. Учебная программа строилась по образцу русских духовных училищ. Лучшие выпускники продолжали образование в России. В независимом Ливане Баламанд оставался важным духовным центром. В годы гражданской войны в монастыре было много беженцев из разных частей страны, и даже разорение, которому подверглась обитель в 1977 г., не помешало ему в осуществлении этой благородной миссии. Новая эпоха в истории Баламанда наступила 4 июня 1988 г., когда по инициативе Антиохийского патриарха Игнатия IV Хазима был издан указ президента Ливанской Республики об открытии в нём факультета словесности и гуманитарных наук (позже переименованного в факультет искусств и социальных наук). Во вновь образованный университет, получивший статус частного, некоммерческого, независимого и светского образовательного учреждения, были включены на правах учебных подразделений Ливанская академия изящных искусств (созданная в 1948 г.) и Институт богословия имени Иоанна Дамаскина (открытый в Баламанде ещё в 1970 г.). К середине 1990 гг. в составе Баламандского университета действовали четыре новых факультета: бизнеса и менеджмента, естественных наук, инженерного дела и медицинских наук. В нём обучались 1,5 тыс. студентов. Баламанд, в истории и архитектуре которого теснейшим образом переплелись католические и православные мотивы, вполне закономерно был выбран местом для проведения диалога между представителями этих ведущих христианских конфессий. В 1993 г. по результатам богословских собеседований там был подписан консультативный нератифицированный документ, в котором представители православной и Римско-католической церквей высказали позицию по вопросу об униатстве как неприемлемом пути взаимоотношений, ведущем в тупик (по мнению православных экспертов, поскольку этот документ, подписанный в том числе со стороны РПЦ, не носит нормативного характера, выражение «Баламандская уния», применяемое к нему его противниками, не имеет под собой ни малейших оснований).