В 1269 г. Бельмон назван среди разрушенных арабами аббатств, монахи которых нашли приют в монастыре Больё на Кипре. Как полагают исследователи, после заключения десятилетнего мира с мамлюками в 1271 г. какая-то часть бельмонской братии вернулась на пепелище: в латинской надгробной надписи из Баламанда речь идёт о 1280 и 1282 гг. Последнее упоминание о Бельмонском аббатстве восходит к 1287 г., однако к тому времени оно, по мнению исследователей, уже полностью обезлюдело. После взятия Триполи мамлюками в 1289 г. и не позже 1291 г. цистерцианская обитель Бельмон окончательно прекратила существование. На протяжении трёх веков развалины аббатства, лежавшие в стороне от оживлённых торговых путей и городских центров, оставались заброшенными. Попытки ряда западных учёных доказать, что после ухода цистерцианцев Бельмон был занят сирийскими монофизитскими монахами, не нашли подтверждения, т.к. они основывались по преимуществу на неверной идентификации происходящей из Баламанда сирийской мелькитской рукописи как яковитской. В османских хозяйственных документах начиная с 1519 г. встречаются скупые ссылки на земли Дейр-эль-Баламанд, имевшие статус тимара, т.е. условного земельного держания, пожалованного владельцу на время несения им воинской службы. Судя по колофонам некоторых арабо-христианских рукописей, они были переписаны в Баламанде в конце XVI в. Несмотря на это, официальной датой основания Баламанда считается 1603 г. Именно с этого времени принадлежавшие ему земли из тимара превратились в вакф – неотчуждаемую собственность религиозных учреждений. Согласно преданию, митрополит Триполи кир Юваким (Иоаким) совместно с Бейрутским митрополитом принял решение основать на руинах цистерцианского Бельмона православную обитель. Большую роль в её создании сыграл представитель известного арабо-христианского рода Сулайман аль-Язиджи, занимавший тогда пост секретаря османского наместника (вали) в Триполи. Первым настоятелем Баламанда стал Макарий ад-Дирани. Постепенно монастырь отстроили. Был восстановлен ряд цистерцианских построек, при этом весьма аскетичный по своему первоначальному убранству храм Богоматери был украшен новым алтарём и резным деревянным иконостасом, а зал капитула переделан в церковь св. Георгия.