Поводом к увольнению стали также публикации в газете «Новое время» статей Антонина, в которых сочетание законодательной, исполнительной и судебной властей в государстве он уподоблял Святой Троице, что было расценено почти как ересь. Находясь на покое, Антонин проживал в санкт-петербургской Троице-Сергиевой пустыни, в ноябре 1912 г. принимал участие в отпевании митрополита Антония (Вадковского). 22 декабря 1913 г. назначен на Владикавказскую и Моздокскую кафедру. По настоянию Петроградского митрополита Питирима (Окнова) 16 января 1917 г. Антонин был уволен на покой «по болезни» (обострение белокровия) с определением пребывания в московском в честь Богоявления Господня мужском монастыре. В Богоявленском монастыре Антонин впервые стал вводить литургические новшества, за что в 1921 г. был запрещён в священнослужении Патриархом Московским и всея России Тихоном (Белавиным). В мае 1921 г. Антонин был избран заместителем председателя Собора Украинской Автокефальной Православной Церкви, созванного в Киеве Всеукраинской православной церковной радой, но участия в нём не принял, сославшись на плохое здоровье. 23 марта 1922 г. дал интервью газете «Известия», в котором заявил о своём несогласии с позицией патриарха Тихона в отношении проводившегося властями изъятия церковных ценностей, за что 28 марта 1922 г. по инициативе Льва Давидовича Троцкого получил приглашение принять участие в работе государственной Центральной комиссии помощи голодающим (Помгол) в качестве «лояльного епископа» с целью спровоцировать «раскол среди духовенства на конкретном вопросе: изъятие ценностей из церквей». 13 апреля постановлением Политбюро ЦК РКП(б) Антонин был утверждён членом ЦК Помгола как представитель «советского» духовенства для «работы по реализации церковных ценностей». 29 апреля 1922 г. в качестве эксперта принял участие в Московском процессе против духовенства и мирян, обвинённых в сопротивлении изъятию ценностей. Выступление Антонина, требовавшего безусловной передачи всех ценностей, в том числе евхаристических сосудов, по мнению церковной общественности, дало властям основания для вынесения смертного приговора 11 обвиняемым. Тогда же Антонин обратился во ВЦИК с ходатайством об их помиловании. Как полагают исследователи, в рассматриваемое время, как и позднее, Антонин предпринимал свои действия, согласовывая их с Евгением Александровичем Тучковым, который курировал в ОГПУ «церковные дела». 13 мая 1922 г. Антонин примкнул к группе «прогрессивного духовенства», которое возглавили протоиерей Александр Иванович Введенский и священник Владимир Дмитриевич Красницкий, подписав вместе с ними воззвание, содержавшее обвинение патриарха Тихона в «церковной разрухе» и требовавшее «немедленный созыв поместного Собора» для суда над ним. Так было положено начало обновленческому расколу.