Церковь Сурб Ншан (Святого Знамения, 972–991, 1016 гг.) с притвором (1185, 1209 гг.) – древнейшая сохранившаяся постройка монастыря, основана царицей Хосровануйш, женой царя Ашота III Багратуни. Интерьер храма представляет собой величественный купольный зал. Сохранились фрагменты росписи начала XIII в. в алтаре (содержат армянские и грузинские надписи) и 1313 г., от которой на южной стене уцелело изображение ктитора князя Хутлубуги. На восточном фасаде помещено скульптурное изображение сыновей ктитора, держащих в руках модель храма. В 1223 г. монастырский комплекс Ахпата по приказу Иване Захаряна был обнесён крепостными стенами с башнями. В него вошли церкви Святого Григория и Богородицы, так называемый гавит Амазаспа (1257 г.) – просторный зал с четырьмя колоннами, самый большой среди подобных в Армении, усыпальница рода Укананц с часовнями, увенчанными хачкарами, среди которых по исполнению выделяется Аменапркич (Всеспаситель, 1273 г.), книгохранилище XI–XIII вв., трапезная (середина XIII в.). Отдельно стоящая трёхъярусная колокольня (1245 г.) с семигранной ротондой-звонницей послужила образцом для поздних колоколен, например, в Карсе. В XI–XV вв. широкую известность в Армении приобрели скрипторий и школа, основанные в Ахпате в X в. первым настоятелем монастыря – известным переписчиком вардапетом Симеоном. Выдающиеся деятели армянской науки и культуры Ованнес Саркаваг (Имастасер), Самуел Анеци, Еремия Андзревик, Давид Кобайреци, Ованнес Ерзнкаци и др. преподавали здесь грамматику, риторику, философию, богословие, музыку и проч. В монастыре рукописи не только создавались, но и реставрировались, велась текстологическая работа, в частности, исследовались Псалмы и «Огласительные и тайноводственные поучения» Кирилла I Иерусалимского. Ахпат славился своей школой миниатюристов. В XI в. при монастыре возле церкви Сурб Ншан была построена библиотека, ставшая богатейшим собранием армянских средневековых рукописей, позже в целях большей сохранности они были перенесены в близлежащие пещеры, где были устроены читальни. В Ахпате хранилось знаменитое Мугнийское Евангелие (в настоящее время в Матенадаране). Среди утраченных рукописей особую ценность представлял «Котук» (предания монастыря Ахпат), упоминается список Библии 951 г. В 1931 г. из Ахпата в Ереван было привезено лишь 12 манускриптов, прочие считаются утраченными.