Первыми были убиты государь и государыня. Они не увидели казни своих детей, которых добивали штыками. Комиссар снабжения Уральской области Пётр Лазаревич Войков, похитивший с тела императрицы подаренное государем кольцо с рубином, доставил серную кислоту и бензин для уничтожения тел убитых в старых рудниковых шахтах урочища Четырёх братьев. Отдельные останки царской семьи, найденные Н.А. Соколовым, были переданы в храм праведного Иова Многострадального Русской православной церкви за границей, заложенный в Брюсселе 2 февраля 1936 г. и освящённый 1 октября 1950 г. в память Николая II, его семьи и всех новомучеников Российских. В этом храме хранятся найденные иконы, кольца царской семьи и Библия, подаренная Александрой Фёдоровной цесаревичу Алексею. В 1981 г. царская семья была канонизирована Русской православной церковью за границей (РПЦЗ). В 1991 г. под Екатеринбургом Свердловской областной прокуратурой было официально вскрыто захоронение, обнаруженное Гелием Трофимовичем Рябовым в 1979 г. по описанию в «Записке Я.М. Юровского» и принятое им за могилу царской семьи. 19 августа 1993 г. Генеральной прокуратурой РФ было возбуждено следственное дело за по расследованию убийства царской семьи, и образована правительственная комиссия по идентификации и перезахоронению обнаруженных останков. Член правительственной комиссии митрополит Крутицкий Ювеналий (Поярков) сделал официальное заявление об итогах исследования «екатеринбургских останков»: «Полагаю, их нельзя принять с абсолютной достоверностью». 26 февраля 1998 г. состоялось заседание Священного Синода, в его определении говорится, что «Священный Синод высказывается в пользу безотлагательного погребения этих останков в символической могиле-памятнике. Когда будут сняты все сомнения относительно «екатеринбургских останков», и исчезнут основания для смущения и противостояния в обществе, следует вернуться к окончательному решению вопроса о месте их захоронения». По решению властей перезахоронение останков произведено 17 июля 1998 г. в Петропавловском соборе Санкт-Петербурга, отпевание возглавил настоятель собора. Синодальная Комиссия по канонизации святых под председательством митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия нашла «возможным поставить вопрос о причислении к лику святых страстотерпцев... императрицы Александры Феодоровны» (Доклад митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия... по вопросу о мученической кончине царской семьи, предложенный на заседании Священного Синода РПЦ 10 октября 1996 г.). Постановлением Священного Синода от 10 октября 1996 г. и определением архиерейского Собора 18–22 февраля 1997 г. данная позиция была одобрена. Канонизация Александры Фёдоровны и других царственных мучеников в Соборе новомучеников Российских состоялась на Архиерейском Соборе 2000 г. На месте бывшего дома Н.Н. Ипатьева (разрушенного в 1977 г. в связи с притоком паломников) строится храм-памятник «на крови» во имя Всех святых, в земле Российской просиявших. 23 сентября 2000 г. Патриарх Московский и всея Руси Алексий II служил молебен на месте строящегося храма и поместил в его основание закладную грамоту.