По рекомендации Владимира Николаевича Лосского в октябре 1946 г. Алексий был приглашён протоиереем Евграфом Ковалевским, ректором Французского православного института св. Дионисия в Париже, на должность профессора кафедры патристики и истории литургии. 24 ноября 1946 г. Патриаршим экзархом в Западной Европе митрополитом Серафимом (Лукьяновым) был возведён в сан архимандрита и назначен инспектором института св. Дионисия, где преподавал до 1950 г. Систематически читал лекции по вопросам богословия и литургики в Англии, Германии, Австрии, в Женеве. Особое внимание Алексий обращал на проблему, остававшуюся для него главной на протяжении всей жизни, – восстановление православия западного обряда. С конца 1950 гг. преподавал патристику и литургику в семинарии в Вильмуасоне близ Парижа. После кончины 7 февраля 1958 г. профессора В.Н. Лосского Алексий заместил его на кафедре догматического богословия, передав кафедру патристики епископу Волоколамскому, викарию Патриаршего экзарха в Западной Европе, Василию (Кривошеину). В марте 1959 г. архиепископ Клишийский, Патриарший экзарх в Западной Европе, Николай (Ерёмин) направил Алексия в клир Трёхсвятительского подворья Московского патриархата в Париже и поручил пастырское окормление прихода храма преподобного Сергия и Германа Валаамских в Вильмуасоне. В июне 1960 г. по приглашению патриарха Алексия I Алексий впервые посетил Москву. Во внимание к его усердному служению 16 июня 1960 г. патриарх даровал ему право ношения патриаршего креста. 31 августа этого же года Алексий был назначен вторым викарием Патриаршего экзарха в Западной Европе с титулом епископа Мёдонского. 31 октября в храме Трёхсвятительского подворья в Париже Алексий был наречён, а 1 ноября того же года хиротонисан во епископа Мёдонского. 11 мая 1963 г. награждён орденом князя Владимира второй степени. Этот период служения Алексия отмечен многочисленными публикациями в европейских богословских изданиях по вопросам патрологии, литургики, экуменизма и плодотворным участием в деятельности богословской комиссии «Вера и церковное устройство» Всемирного Совета Церквей. 30 июля 1968 г. Алексий был назначен епископом Филадельфийским, викарием Нью-Йоркской епархии. На этом посту помогал Патриаршему экзарху Северной и Южной Америки, архиепископу Нью-Йоркскому и Алеутскому Ионафану (Кополовичу) в управлении епархией и в осуществлении процесса восстановления канонических отношений между РПЦ и Русской православной греко-кафолической церковью в Америке (Митрополичьем округом) после дарования ей автокефалии. Алексий продолжал богословские и литургические исследования, чтение лекций, в том числе в католических университетах Нью-Йорка и Вашингтона. 5 апреля 1970 г. патриарх Алексий I возвёл Алексия в сан архиепископа с правом ношения креста на клобуке. 10 апреля 1970 г. патриарх Алексий I и Священный Синод даровали автокефалию Православной церкви в Америке. Был упразднён Патриарший экзархат Северной и Южной Америки и образован Патриарший экзархат Центральной и Южной Америки. Алексию поручили временное управление приходами в Мексике.