Собор восточных епископов в Антиохии подписал томос, но на предложение об осуждении епископа Феодора ответил, что подобные выражения встречаются и у восточных отцов, и у западных, и у Афанасия Великого, и у Василия Великого, и у Григория Нисского, и у Григория Богослова. Собор направил императору Феодосию II, патриарху Кириллу Александрийскому и патриарху Проклу послание с опровержением обвинений Феодора. Патриарх Кирилл отверг мнение о сходстве учения епископа Феодора с учением Василия Великого, Афанасия Великого и др. Указ императора Феодосия, направленный епископу Иоанну и Собору, запретил осуждать лиц, умерших в мире с церковью. Собор 445 г. при епископе Домне II сместил епископа Афанасия из Пены (на Евфрате), самоизбравшего себя, после того как был отстранён от управления епархией за присвоение церковного имущества. Собор 447 или 448 г. разбирал дело епископа Эдесского Ивы, обвинённого в несторианстве и присвоении церковного имущества. Епископ Ива был оправдан, поскольку двое из четырёх обвинявших его эдесских диаконов бежали в Константинополь и поэтому были извергнуты из сана. Собор 471 г. низложил и приговорил к ссылке Петра Гнафевса, монаха-монофизита, который, пользуясь влиянием на зятя императора Льва I патрикия Зинона (впоследствии император Зинон), около 469 г. самочинно провозгласил себя Антиохийским патриархом. Собор 477 или 478 г. низложил Петра Гнафевса, около 475 г. вторично занявшего Антиохийский престол. На его место был избран епископ Апамеи Иоанн II, однако спустя три месяца он, как монофизит, также был низложен по приказу императора Зинона, на кафедру был поставлен Стефан II. Собор около 482 г. был проведён епископом Календионом и православной частью епископата Антиохийской церкви в противовес проходившему незадолго до этого в Антиохии Собору епископов-монофизитов. Собор признал права Календиона на престол. На Соборе монофизитской партии патриархом был вновь избран Иоанн II, однако официальная поддержка императора Зинона и Константинопольского патриарха Акакия была на стороне православных, и Иоанн II не был допущен на кафедру. В связи с событиями Акакианской схизмы и изданием «Энотикона» (императорский эдикт на примирение православных и монофизитов, 384 г.), когда Константинопольский патриарх Акакий кардинально изменил своё отношение к церковной ситуации на Востоке в пользу монофизитов, Антиохийский престол уже в четвёртый раз занял Пётр Гнафевс. Под его председательством прошёл Собор монофизитской партии (485 г.), который подверг осуждению решения четвёртого Вселенского собора (451 г.), а также в пение Трисвятого на литургии была введена фраза «распныйся за ны». Собор 508–509 гг. был созван для принятия Восточной церковью «Энотикона». Под давлением светских властей патриарх Флавиан II и епископат Антиохийской церкви согласились подписать несколько изменённый текст «Энотикона», в котором подтверждались определения первых трёх Вселенских соборов, но не упоминался Халкидонский собор. Собор осудил сочинения Диодора Тарсского и Феодора Мопсуестийского. Споры монашеских партий вокруг «Энотикона» вызвали уличные беспорядки в Антиохии. Собор 542 г. при патриархе Ефреме издал послание с осуждением «начал» Оригена. Собор 195 епископов 565 г. под председательством патриарха Анастасия I Синаита осудил Юлиана Галикарнасского и ересь афтартодокетизма. Соборное послание было направлено императору Юстиниану I Великому и несторианским епископам Сирии.