При епископе Флавиане в 383 г. состоялся Собор, осудивший мессалиан. Собор 389 г. епископов провинции Антиохия осудил сыновей Маркелла Апамейского. Намереваясь отомстить за отца, они предводительствовали толпой, громившей языческий храм, и были убиты язычниками. Собор 424 г. осудил пелагианство. Собор 432 г. (около 200 епископов) бы созван епископом Иоанном I для обсуждения низложения Нестория с Константинопольской кафедры третьим Вселенским собором в Эфесе (431 г.). Епископ Иоанн, поддерживавший антиохийца Нестория, прибыл на Вселенский собор, когда Несторий был уже низложен. Обвинив Собор в неправомерности совершённого, он отправил императору послание, в котором осудил епископа Кирилла Александрийского, выступившего против Нестория с 12 анафематизмами. После Вселенского собора Антиохийская и Александрийская церкви разорвали общение. Император повелел епископу Иоанну Антиохийскому примириться с епископом Кириллом Александрийским и подписью своей и подчинённых ему епископов утвердить решения Эфесского собора. Собравшиеся епископы диоцеза Антиохия, в основном, защищавшие Нестория, отказались поддержать определения Вселенского собора даже частично. Общение церквей было восстановлено лишь в апреле 433 г. Собор 435 г. рассматривал сочинения епископа Феодора Мопсуестийского. После осуждения Нестория на третьем Вселенском соборе возник вопрос о «корнях» несторианства. К учению епископа Феодора обратились люди разных направлений: одни видели в его учении последнее слово богословской науки, приверженцы Нестория распространяли его сочинения в целях собственной защиты. Собор проанализировал учение епископа Феодора о Божестве и человечестве Христа. Разность двух естеств в Боге Сыне выражается им следующим образом: Господь Бог Слово воспринял совершенного человека, неизреченно соединил его с Собою, воскресив из мёртвых и посадив одесную Бога, так что этот человек имеет неразлучное соприкосновение с Божескою природой; когда мы мыслим об Иисусе Христе, то, прежде всего, разумеем Бога Слова, но вместе с ним мыслим и воспринятое Им, Иисуса, человека из Назарета, которого Бог помазал, так что с Богом Словом он причастен наименованию и чести Сына и Господа. Разность двух естеств объединяется в Боге Сыне «по благоволению», обе природы составляют одно Лицо, но сохраняются неслитно и нераздельно. Согласно епископу Феодору, Бог, от вечности предвидев высоконравственную жизнь Иисуса, избрал Его храмом Своего Божества. С самого момента зачатия Христа в Нём обитал Бог Слово. Но «соприкосновение» Бога Слова и Иисуса вначале было незаконченным. Собор не нашёл значительных расхождений между положениями епископа Феодора Мопсуестийского и собственным учением. Второй Собор (440 г.), разбиравший учение епископа Феодора Мопсуестийского, известен исследователям лишь по свидетельству хрониста Феофана Исповедника (IX в.). Представители аполлинарианства, воспринимавшие воззрения епископа Феодора как ересь, направили посольство в Константинополь к патриарху Проклу, склоняя его предать анафеме епископа Феодора. Патриарх Прокл издал томос, где излагал православное учение и опровергал некоторые возражения на него. Томос, содержащий и выдержки из сочинения епископа Феодора, он отправил Антиохийскому епископу Иоанну для подтверждения православного учения и осуждения выдержек из сочинения епископа Феодора.