В 1991 г. возобновлено издание газеты «Архангельский епархиальный вестник». Постепенно возрождается жизнь монастырей: в 1991 г. открыт Артемиев Веркольский мужской монастырь, в 1992 г. – Антониев Сийский, в 1995 г. –Иоанно-Богословский женский монастырь, в 2000 г. – Кожеезерский в честь Богоявления Господня мужской монастырь. В 1998 г. епископ Тихон освятил архангельское подворье Соловецкого монастыря. 10–15 октября 1994 г. работал епархиальный семинар «Введение в православную педагогику». В 1995 г. в Архангельске был открыт заочный филиал Православного Свято-Тихоновского богословского института, в 2000 г. на трёх факультетах филиала (богословско-пастырском, катехизаторском и педагогическом) обучалось более 30 человек. С 1995 г. епархиальным управлением совместно с Управлением образования администрации Архангельской области, Отделом религиозного образования и катехизации Московского патриархата и Поморским международным университетом имени М.В. Ломоносова проводятся Иоанновские образовательные чтения, посвящённые памяти Иоанна Кронштадтского. В чтениях участвует духовенство епархии, руководители администрации области, профессора и преподаватели Московской духовной академии и Санкт-Петербургской духовной академии, педагоги, светские учёные. В конце 1995 г. епархия была разделена на три: Архангельскую, Мурманскую, Сыктывкарскую. 4 февраля 1996 г. в Богоявленском кафедральном соборе в Москве Патриархом Московским и всея Руси Алексием II во епископа Архангельского и Холмогорского был хиротонисан архимандрит Тихон (Степанов). За пять лет его архиерейского служения (к 1 февраля 2001 г.) клир епархии увеличился с 42 человека до 106, количество приходов возросло с 53 до 93, число храмов – с 35 до 52, освящены шесть часовен. 30 декабря 1996 г. возобновила деятельность Церковно-археологическая комиссия Архангельской и Холмогорской епархии; председатель – архимандрит Трифон (Плотников), задачей которой является сбор, хранение и изучение памятников религиозной и церковно-общественной жизни Архангельского края. Епархиальное управление активно сотрудничает с администрацией Архангельской области. 7 июля 1996 г., в праздник Рождества Иоанна Предтечи, губернатор Архангельской области Анатолий Антонович Ефремов торжественно передал епархии собор во имя Иоанна Предтечи в Каргополе. В рамках соглашения между Управлением образования администрации области и Отделом религиозного образования и катехизации Архангельской и Холмогорской епархии о сотрудничестве в области образования (1996 г.) клирики епархии проводят духовно-просветительскую работу в высших и средних учебных заведениях. В январе 1997 г. создан епархиальный Отдел социального служения и благотворительности, при нём действуют благотворительные столовые, совместно с организацией «Норвежская церковная помощь» отдел оказывает помощь малообеспеченным прихожанам, собирая средства для закупки медикаментов в больницы, люди, находящиеся в местах лишения свободы, получают одежду и предметы первой необходимости. Епархия и Управление исполнения наказания УВД Архангельской области заключили совместное соглашение о сотрудничестве.