Однако в результате враждебных действий «Русской православной общины» в марте 1952 г. приходу Благовещенского храма было отказано в регистрации, Министерство иностранных дел не признало епископа Феодора представителем Московского патриархата, что вынудило архиерея в июле 1952 г. покинуть страну. Правительство издало декрет о запрете деятельности в Аргентине РПЦ МП, Благовещенский храм был временно закрыт. Однако после настойчивых обращений церковноприходского совета 28 сентября 1952 г. правительство Аргентины отменило запрет на деятельность прихода. 6 мая 1953 г. Благовещенский храм получил права юридического лица, и деятельность РПЦ в Аргентине была легализована, но епископу Феодору было отказано в регистрации и разрешении жить в стране. По благословению патриарха Алексия I временно управлять приходами РПЦ МП в Аргентине было поручено настоятелю Благовещенского храма священнику Евфимию Мамину. В 1953–1978 гг. настоятелем Благовещенского храма был священник Фома Герасимчук, в 1953–1964 гг. в должности благочинного временно управлявший патриаршими приходами в Аргентине (Аргентинским благочинием). Со времени своего образования община Благовещенского храма вела борьбу с неканоническими притязаниями представителей «Русской православной общины», Русской православной церкви за границей, Американского Митрополичьего округа, Украинской автокефальной церкви, имевших храмы в Аргентине. В 1957 г. приходской совет Благовещенского храма во главе с настоятелем протоиереем Фомой обратился к патриарху Алексию I с просьбой о назначении правящего архиерея на вдовствующую Аргентинскую кафедру. В июне 1958 г. в Буэнос-Айрес прибыли епископ Костромской и Галичский Сергий (Костин) и протоиерей Павел Статов, которые в течение трёх месяцев посетили все патриаршие приходы, знакомясь с местными условиями и особенностями церковной жизни. После возвращения они сделали доклад патриарху. В 1960 г. патриарх Алексий принял в Москве трёх членов церковноприходского совета Благовещенского прихода, рассказавших предстоятелю РПЦ о положении Русской церкви в Аргентине и её нуждах. В 1964 г. на Аргентинскую кафедру был назначен епископ Никодим (Руснак). В продолжение всего времени существования Аргентинской епархии число её приходов росло, как за счёт общин, возвращавшихся из расколов, так и за счёт строительства новых храмов. В 1948 г. община храма в честь Воскресения Христова в колонии Жапежу (провинция Мисьонес, Аргентина) вернулась в лоно Матери-Церкви из «Русской православной общины».