Реставрация «среднего» храма, при которой были уничтожены древние фрески византийской школы, была завершена к 1899 г. Бывший кафедральный храм Аланских митрополитов («северный» храм во имя святителя Николая) оставался в руинах, сохраняя небольшие фрагменты византийских фресок с греческими надписями (на самой отчётливой из них прочитывалось: «Святой Николай, покровитель Аспе»). Трудами насельников из камней древних построек были сложены три двухэтажных и три одноэтажных корпуса, в которых разместились братские кельи, богадельня и иконописная мастерская, к 1904 г. построен большой двухэтажный каменный корпус странноприимного дома. В окрестностях монастыря на отвесных склонах гор были устроены десятки келий. Монастырю принадлежал Георгиевский скит на вершине горы Шоана в верховьях реки Кубани (в 3 км от города Карачаевска, близ аула Хумара и селения Коста Хетагурово); в 1891–1894 гг. в нём были сооружены кельи, каменная ограда, проведена дорога. 22 апреля 1895 г. после реставрации освящён во имя Георгия Победоносца Шоанинский храм XI в. С 1887 г. братия монастыря восстанавливала храм X в. на Сентинской горе в ущелье реки Теберда, который в 1893 г. был передан девичьей общине, основавшей там Спасо-Преображенский Сентинский женский монастырь. Почитаемыми святынями Александро-Афонского Зеленчукского монастыря были Гребнёвская икона Божьей Матери – список с чудотворной иконы, находившейся в Москве в церкви Успения Богоматери на Лубянке (дар анонимного благотворителя в память скончавшегося воина Симеона), а также частицы мощей великомученика Георгия и мученицы Марины, принесённые с Афона иноками, основавшими монастырь. После 1918 г. Александро-Афонский Зеленчукский монастырь и Георгиевский скит были закрыты, храмы разорены. В 1930 гг. в монастырских постройках разместилась детская колония, затем интернат для детей-сирот. Колокольня и часть монастырских стен были разрушены в годы Великой Отечественной войны. В 1970 гг. бывшая территория монастыря со всеми сохранившимися постройками и охраняемым законом архитектурно-археологическим комплексом была передана на правах филиала Карачаево-Черкесскому музею краеведения (город Черкесск), закончившему к середине 1980 гг. реставрацию «северного» храма. К 2000 г. комплекс имел статус Карачаевского историко-археологического заповедника. «Южный» зеленчукский храм передан Ставропольской и Владикавказской епархии РПЦ и освящён во имя пророка Илии, в нём возобновлены богослужения.