Аристотель, который считал Зенона «изобретателем диалектики», неоднократно обращается к исследованию его «аргументов»: в «Топике» он отмечает, что трудно опровергнуть (или решить) их, например, аргумент Зенона о том, что движение возможно; в VI книге «Физики» он излагает и анализирует четыре знаменитые апории («Дихотомия»; «Ахиллес и черепаха»; «Стрела»; «Стадион»), констатирует, что они доставляют «большие затруднения»; тем не менее, приходит к выводу, что Зенон «рассуждает неправильно». Собственное учение Аристотеля о «затруднениях» связано с вопросом о «началах» философии. В книге III «Метафизики» Аристотель излагает 14 «затруднений», затем обсуждает их в книге XI. В «Топике» он определяет апорию («сомнение») как «равенство противоположных доводов». Кроме того, ряд частных апорий Аристотель рассматривает в других работах: «Физике» (апория времени, апория места); «О небе» (небо возникло или не возникло и уничтожимо или не уничтожимо – «доказательство одного из противоположных (тезисов) составляет апорию для другого»); «О возникновении и уничтожении» («каким образом происходит простое возникновение – из того ли, что существует в возможности, или как-то иначе»); «Метереологике» (натурфилософское «затруднение»). После Аристотеля апории занимают особое место только в философии скептицизма. Общий характер обсуждения апории и их решение подчинены основной задаче этой философии – воздержанию от суждения. В «Трёх книгах пирроновых положений» Секста Эмпирика рассматриваются апории общие (существования и не-существования) и частные; пространства (места) и времени; апории Зенона Элейского и др. К теме апории на закате античной философии обращается неоплатоник Дамаский Диадох: в книге «О первых началах» он даёт глубокую трактовку апории применительно к основоположениям философии Платона и неоплатонизма. В раннехристианской литературе термин «апория» употребляется Иринеем Лионским и Ипполитом Римским.