В начале XX в. Агапит трудился и над другими изданиями. В 1906 г. вышло его переложение на русский язык первой аскетической книги, изданной в 1847 г. Оптиной пустыни, – «Житие Молдавского старца Паисия Величковского». Агапит также существенно переработал и дополнил составленное в 1876 г. иеромонахом Климентом (Зедергольмом) «Жизнеописание Оптинского старца иеромонаха Леонида (в схиме Льва)» (издано Шамординской обителью в 1917 г., в 1994 г. репринтно переиздано Оптиной пустынью без указания авторства). В марте 1904 г. Калужская консистория обратилась к настоятелю Оптиной пустыни игумену Ксенофонту с предписанием получить ответ от Агапита, «позволят ли его физические силы, и есть ли желание быть назначенным для несения пастырского служения в лазаретах и госпиталях на театре военных действий». Но для этой миссии Агапит был слишком слаб. После нескольких лет жизни в скиту он перешёл на жительство в монастырскую больницу. В 1914 г. вместе с иеромонахом Анатолием (Потаповым) был приглашён в Москву для келейного увещания афонских монахов-имяславцев, но из-за болезни не поехал. Раньше, в мае 1913 г., вместе со всей братией обители согласился с решением Святейшего Синода, резко осудившим имяславие. Духовным окормлением Агапита пользовались все последние старцы «старой» Оптины: преподобные Варсонофий (Плиханков), Анатолий (Потапов), Нектарий (Тихонов) и Никон (Беляев). При этом, будучи современником и учеником преподобного Амвросия, Агапит стал как бы связующим звеном между несколькими поколениями насельников обители. Последний соборно избранный оптинский старец иеросхимонах Нектарий ходил к нему в больницу исповедоваться и советоваться и ничего не делал без его благословения. Другим близким учеником Агапита был последний духовник оптинской братии иеромонах Досифей (Чучурюкин). 12 марта 1912 г., после перевода скитоначальника старца Варсонофия (Плиханкова) в Старо-Голутвенный монастырь, старшая оптинская братия предлагала Агапиту стать скитоначальником. По свидетельству старца Нектария, Агапит, прозревая грядущие страшные события и будущее разорение обители, решил, что не в силах будет перенести столь тяжёлой скорби. В последние годы жизни во время обострения болезни впадал как бы в слабоумие, в другое время сохранял прозорливость и духовную высоту. Старец Нектарий говорил, что болезнь ему попущена за отказ от общественного служения. Когда Агапит принял схиму, – осталось неизвестным, как полагают исследователи, незадолго до кончины. Похоронен за алтарём Введенского собора Оптиной пустыни. Точное место его захоронения до сих пор не установлено.