В 1937 г., согласно новой Конституции Эстонской Республики, глава ЭАПЦ стал членом Государственного совета. В 1923–1939 гг. в Эстонии было построено 15 новых православных храмов: в Венекюла (1923 г.), в Нымме и Лайксааре (1924 г.), в Сурью (1925 г.), в Левала и на острове Пийриссаар (1927 г.), в Лухамаа и Мыйзакюла (1932 г.), на православном кладбище в Выру (1933 г.), в Копли (1935 г.), в Мыла (1937 г.), в Кохтла-Ярве (1938 г.) и в Треймани, Саатсе и Элва (1939 г.). Во многом благодаря Александру удалось отстоять от угрозы закрытия и сноса лучший православный храм Эстонии – Александро-Невский собор в Таллинне. В 1936 г. туда была перенесена кафедра главы церкви. В 1933 г. при Псково-Печерском мужском монастыре открылась духовная семинария, высшее богословское образование можно было получить на теологическом факультете Тартуского университета, где существовала православная кафедра. В 1938 г. в Таллинне были открыты русскоязычные богословско-пастырские курсы. За годы пребывания на своей кафедре Александр рукоположил больше ста священнослужителей, в том числе таких известных, как протоиерей Михаил Ридигер (отец патриарха Алексия II), протопресвитер Александр Киселёв, протоиерей Ростислав Лозинский, будущие Таллиннские архипастыри протоиереи Георгий Алексеев и Роман Танг и др. В июле 1940 г. в пределы Эстонской Республики вступили войска Советской Армии, 6 августа 1940 г. Эстония была включена в состав СССР. 10 ноября 1940 г. Синод ЭАПЦ во главе с Александром обратился к митрополиту Московскому и Коломенскому Сергию (Страгородскому), Патриаршему Местоблюстителю, с прошением о воссоединении с РПЦ. Определением митрополита Сергия от 24 февраля 1941 г. просьба Синода была удовлетворена. 30 марта 1941 г. Александр в резиденции митрополита Сергия в Москве принёс покаяние в грехе раскола, совершённого, как он заявил, «под давлением бывшего эстонского правительства», и был принят в каноническое общение с Матерью-Церковью. Митрополит Виленский и Литовский Сергий (Воскресенский) был назначен экзархом Латвии и Эстонии. За Александром было оставлено право управления Таллиннской епархией, епископ Павел (Дмитровский) управлял Нарвской епархией. Незадолго до начала войны митрополит Сергий посетил Таллинн, вместе с епископом Нарвским Павлом и Александром совершил литургию в одном из храмов Нарвской русской епархии – таллиннской Симеоновской церкви. Между экзархом митрополитом Сергием и Александром не сложились отношения взаимопонимания и сотрудничества. После оккупации летом 1941 г. Эстонии немецко-фашистскими войсками Александр заявил о восстановлении им ЭАПЦ. В сентябре 1941 г. он сообщил об этом в официальные инстанции и 19 сентября 1941 г. получил регистрацию как митрополит Таллиннский и всей Эстонии, восстановлена была и деятельность Синода.