Под настойчивым давлением эстонских властей и радикальной части эстонского духовенства, желавших разрыва связей между Эстонской и Русской церквами и получения автокефалии от Константинопольского патриарха, 23 сентября 1922 г. Собор автономной Эстонской церкви принял решение об обращении к Константинопольскому патриарху и Священному Синоду Константинопольской церкви с просьбой довершить каноническое устройство Эстонской православной церкви и предоставить ей канонические права автокефальной церкви. В июне 1923 г. в Стамбуле прошли переговоры между Константинопольским патриархом Мелетием IV (Метаксакисом), провозгласившим принадлежность своему патриархату всей православной диаспоры, к которой Константинополь относил также и епархии РПЦ, оказавшиеся за пределами РСФСР (позднее СССР), и делегацией Эстонской православной церкви, возглавляемой Александром. 7 июля 1923 г. патриарх Мелетий вручил главе эстонской делегации томос, которым утверждался новый статус Эстонской православной церкви, преобразованной в автономный церковный округ в составе Константинопольского патриархата под названием «Эстонская Православная Митрополия». Правящему Таллиннскому епископу присваивался титул Митрополита Таллиннского и всей Эстонии. Неканонический переход Эстонской церкви в юрисдикцию Константинопольского патриархата, совершившийся в то время, когда патриарх Тихон находился под арестом (9 мая 1922 г. – 25 июня 1923 г.), не был признан священноначалием Русской церкви. В июле 1926 г. Эстонская православная церковь стала официально именоваться Эстонской Апостольской Православной Церковью (ЭАПЦ). В состав ЭАПЦ в годы возглавления её Александром входило 147 приходов, из которых 30 были русскими или смешанными. Общее количество православных в Эстонии достигало 210 тыс. (130 тыс. эстонцев и 80 тыс. русских). В 1924 г. Александр содействовал образованию в её составе Нарвской епархии, состоявшей исключительно из русских приходов. К управлению этой епархией он привлёк проживавшего в Эстонии бывшего Псковского и Порховского архиепископа Евсевия (Гроздова), принявшего титул архиепископа Нарвского и Изборского. После кончины архиепископа Евсевия в 1929 г. и периода временного управления Нарвской епархией епископом Печерским Иоанном (Булиным) Александр сам управлял Нарвской русской епархией с 1932 по 1937 гг., вплоть до избрания епископом Нарвским и Изборским Павла (Дмитровского). Среди русских жителей Эстонии Александр имел непререкаемый нравственный авторитет и пользовался всеобщей любовью. Во многом благодаря его усилиям авторитет православной церкви в Эстонской Республике возрастал из года в год. В 1934 г. приходы получили от государства компенсацию за национализированную в начале 1920 гг. церковную землю, им были предоставлены права юридического лица. В 1935 г. под руководством Александра был подготовлен и принят Собором церкви новый устав ЭАПЦ, сохранивший своё значение до настоящего времени.