На утреннем заседании 16 августа Архиерейский юбилейный Собор заслушал и подверг детальному обсуждению доклад митрополита Кирилла (в дальнейшем – Патриарх Московский и всея Руси), председателя Отдела внешних церковных сношений Московского патриархата, о деятельности возглавляемого им отдела в межсоборный период. Основными темами состоявшейся затем продолжительной дискуссии стали межхристианские отношения и церковная ситуация на Украине. В обсуждении доклада среди прочих приняли участие Челябинский митрополит Иов, архиепископы Донецкий Иларион (Шукало), Клинский Лонгин (Талыпин), Таллиннский Корнилий, Астанайский Алексий, Самарский Сергий (Полеткин), епископы Мурманский Симон (Гетя), Петропавловский Игнатий (Пологрудов), Полоцкий Феодосий (Бильченко), Житомирский Гурий (Кузьменко), Владивостокский Вениамин (Пушкарь). В выступлениях, посвящённых церковной ситуации на Украине, содержались предложения об изменении статуса Украинской церкви, причём разного характера: Тульчинский епископ Ипполит высказался за возвращение ей прежнего статуса экзархата, а Черкасский архиепископ Софроний – за предоставление Украинской церкви полной автономии. В завершение дискуссии по вопросу о статусе Украинской церкви выступил её Предстоятель митрополит Киевский и всея Украины Владимир (Сабодан), который отверг крайние предложения как о возвращении к статусу экзархата, так и о полной автономии. Затем митрополит Смоленский Кирилл выступил ещё с одним докладом, в котором представил проект новой редакции Устава Русской Православной Церкви. После детального и остродискуссионного рассмотрения каждого раздела Устав был принят Собором с рядом поправок. Издание нового Устава было вызвано, в первую очередь, тем, что после политических перемен начала 1990 гг. РПЦ оказалась в радикально иных правовых условиях, чем прежде: она обрела свободу, и одновременно её каноническая территория вследствие распада СССР оказалась в пределах нескольких государств. Кроме того, церковная жизнь 1990 гг. обнаружила, что некоторые положения Устава 1988 г. либо нецелесообразны практически, либо требуют изменения по соображениям канонического характера. Главные новации Устава 2000 г. заключаются в перераспределении компетенции Поместного и Архиерейского Соборов в сторону расширения полномочий Архиерейского Собора. В этой связи в новом Уставе уже не предусматривается периодичность в созыве поместных Соборов, декларированная Уставом 1988 г., но ввиду реальных условий церковной жизни оказавшаяся нереализованной. Новый Устав предусматривает реформу в сфере церковного суда: положения, регламентирующие судоустройство и распределение компетенции разных инстанций церковного суда, выделены в Уставе в отдельную главу. Устав устанавливает различный статус для церквей, имеющих разный уровень самостоятельности по отношению к кириархальной – Русской православной церкви. В новом Уставе положения, регламентирующие управление церковным имуществом, сформулированы с учётом ныне действующего законодательства, признающего за церковными учреждениями права юридических лиц. В заключительных параграфах вводной главы содержатся два важных положения: «Должностные лица и сотрудники канонических подразделений, а также клирики и миряне не могут обращаться в органы государственной власти и в гражданский суд по вопросам, относящимся к внутрицерковной жизни, включая каноническое управление, церковное устройство, богослужебную и пастырскую деятельность».