В 1193 г. Арльский архиепископ Имберт предоставил перебравшимся из Святой земли в Южную Францию тамплиерам церковь в Бокере. В период «Авиньонского пленения пап» кафедру Арля занимали архиепископы, непосредственно связанные с Римской курией. После смерти папы Григория XI (1370–1378 гг.) архиепископ Арля кардинал Пьер дю Кро инициировал избрание в Авиньоне Климента VII (1378–1389 гг.). Авиньонский папа Бенедикт XIII (1394–1417 гг.) наложил арест на церковное имущество Арля, и в 1398–1404 гг. кафедра оставалась вакантной. Новый архиепископ кардинал де Броньи принимал участие в избрании антипапы Иоанна XXIII (1410–1415 гг.) и присутствовал на Констанцском соборе (1414–1418 гг.). При нём из состава Арльского архиепископства было выделено Авиньонское епископство, к которому отошли кроме самого Авиньона епископства Вьерзон, Кавайон и Карпантра. Архиепископ Арля кардинал Луи Алеман был представителем папы Мартина V (1417–1431 гг.) на Соборе в Базеле, инициатором низложения папы Евгения IV (1431–1447 гг.) и избрания на его место Феликса V (1439–1449 гг.). В свою очередь, Евгений IV в 1440 г. лишил Луи Алемана архиепископского сана, но тот впоследствии раскаялся, получил от нового папы Николая V (1447–1455 гг.) все прежние титулы и бенефиции (1449 г.). В XV–XVII вв. многие архиепископы Арля, занимая высокие посты в Римской курии или при французском королевском дворе, ни разу не посетили Арль. В 1499 г. соборный капитул Арля, действуя в духе Буржской прагматической санкции, предпринял две неудачные попытки самостоятельно избрать епископа. Однако реальное право назначения епископа в это время находилось в руках короля Франции, что и было закреплено Болонским конкордатом 1516 г. Протестантизм в начале XVI в. не получил большого распространения в Арле, борьба с ним ограничилась запретом допускать лютеранских проповедников в церкви (1532 г.) и распоряжением сжигать еретические книги (1533 г.). Однако в 1562 г. архиепископ А. Жак де Брулла был низложен за то, что являлся сторонником гугенотской партии адмирала Гаспара де Колиньи. После гугенотских войн Арль остался католическим, архиепископами были предприняты реформы, направленные на повышение авторитета католического духовенства. В начале XVII в. было восстановлено бенедиктинское аббатство Сен-Пьер-де-Монмажур, с 1639 г. ставшее резиденцией мавристов. Последний архиепископ А. Жан Мари Дюло погиб в Париже во время массовых убийств 2 сентября 1792 г. По конкордату 1802 г. архиепископство Арля с зависимыми от него кафедрами было упразднено; с 1817 г. его территория вошла в состав архиепископства Экс-ан-Прованс. Изучение памятников раннехристианского искусства и археологии в Арле началось в XVII в. Первый собор (базиликального типа) был построен в начале IV в. вблизи юго-восточной части городских валов напротив языческого некрополя Алискампус (современные Елисейские поля), позже превращённого в христианский и ставшего одним из центров паломничества в Европе. При епископе Иларии (429–449 гг.) в центре Арля был возведён собор в честь св. Стефана (см. Арльский собор). Период активной строительной деятельности приходится на IX–XII вв. В 897 г. были перестроены церкви аббатства св. Цезария (сохранились две капеллы: Сен-Жан-де-Мустье, IX в., и Сен-Блез, XIII–XIV вв., c куполом над средокрестием, узкими боковыми нефами, акустическими голосниками). В середине XI в. марсельский монастырь Сен-Виктор основал на Алискампусе приорат Сент-Оноре с церковью, от которой сохранились восточная и западная части с трансептом.