Новый конфликт разгорелся между Вьеном и Арлем в 463 г., когда вьенский архиепископ поставил епископа в один из городов, подчинённых Арлю. Архиепископ Леонтий апеллировал в Рим. Добившись возвращения прежних прав, он созывал Соборы, председательствовал на них и выступал единственным посредником между галльским епископатом и Римом. В 514 г. папа Симмах (498–514 гг.) предоставил Кесарию право самостоятельно решать любые вопросы, в том числе догматические, касавшиеся Галлии и Испании, кроме того, папа просил архиепископа Арля быть посредником между ним и правителями варварских королевств, возникших на территории бывших римских провинций. В 794 г. на Соборе во Франкфурте вновь разгорелся спор о границах Арелатского и Вьенского архиепископств. В результате Арелатское архиепископство осталось в границах, которые были определены ещё Собором в Турине, в его ведении находилось восемь епископств. В Арле состоялся ряд поместных Соборов древней церкви. С IX в. архиепископы Арля, получив право чеканить собственную монету, собирать торговые и дорожные пошлины, всё больше сближаются с представителями местной светской знати. Список епископов (до середины XI в.): апостол Трофим (I в.?), Регул (?), Маркион (254 г.), Марин(ий) (около 314 г.), Валентин (336–347 гг.), Сатурнин (до 353 – 361 гг.), Мартин (?), Никас (?), Крискент (?), Конкордий (374–380 гг.), Грат (?), Амвросий (?), Мартин (?), Инген (около 398 г.), Августин (?), Героним, Савин, Ерос (408–411 гг.), Патрокл (411–426 гг.), Елладий (426 г.), Гонорат (427–429 гг.), Иларий (429–449 гг.), Равенний (449 – после 454 гг.), Августал (до 463 – 491 гг.), Эоний (491–502 гг.), Кесарий (502–542 гг.), Авксаний (543–546 гг.), Аврелиан (546–551 гг.), Сапавд (552–586 гг.), Лицер(ий) (586–588 гг.), Пасхазий (?), Виргилий (около 588 – после 602 гг.), Киприан (613 г.?), Флориан (около 614 г.), Феодосий (632–650 гг.), Иоанн (659–668 гг.), Феликс (680 г.?), Иоанн (?), Анастасий (?), Аустоберт (?), Вульберт (683 г.); Аврелий, Поликарп, Мартин, Протасий, Имнодий, Георгий, Ратберт, Кауцар, Вильмар, Вилиар, Арлад (известны только по именам из «Арелатского сакраментария»); Элифант (Алафант; 788–794 гг.), Люпон (?), Иоанн (811–816 гг.), Нотон (824–851 гг.), Ро(т)ланд (852–869 гг.), Ростан (871–920 гг.?), Манасия (920–961 гг.), Итерий (963 г.? – 985 г.), Аннон (980 г.? – 994 г.), Понс де Мариньян (999–1030 гг.), Рамбальд де Рейлан (1030–1069 гг.). После перехода королевства Арль под непосредственную власть императора Священной Римской империи (1032 г.) архиепископ Арля занял первенствующее положение среди бургундских вассалов императора, получив от него привилегии и земельные владения. Император Фридрих I Барбаросса предоставил архиепископам полную власть над городом (прежде она была поделена между архиепископом, городской общиной и графами Прованса). В конце XII – начале XIII в. борьба городской общины и архиепископа за политическую власть в Арле доходила до вооружённого противостояния. В 1245 г. граф Прованса Раймонд Беренже IV поддержал городскую общину, и архиепископ был вынужден отказаться от своих претензий на власть в городе. При Карле Анжуйском, в 1249 г., конфликт разгорелся с новой силой, и архиепископу пришлось бежать из Арля. Через два года войска графа осадили город и принудили его жителей принять архиепископа, однако реальная власть в Арле с этого времени перешла к графу. В XII–XIII вв. в Арле появились представители новых орденов католической церкви: в 1157 г. цистерианцами был основан мужской монастырь, в 1218 г. – францисканский монастырь, в 1231 г. – доминиканский, в 1291 г. – кармелитский.