Епархиальной власти было нелегко уделять одновременно равное внимание как нуждам многочисленных национальных православных общин, в первую очередь, русинов и русских, так и решению миссионерских задач, поставленных святителем Иннокентием. В среде русских церковных деятелей стала складываться концепция «Американской Руси», тесно связанной с Россией в духовном и культурном отношении. Это было крайне важно в условиях активной украинизации русинов, проводимой в начале XX в. униатским епископом Сотером Ортынским с целью воспрепятствовать переходу униатов в православие. 1 октября 1897 г. открылась миссионерская школа в Миннеаполисе. С 14 сентября 1898 г. по 25 января 1907 г. Алеутская и Аляскинская епархия возглавлялась епископом (с 5 мая 1905 г. – архиепископ) Тихоном (Белавиным). Переименованием этой епархии в Алеутскую и Североамериканскую епархию 9 февраля 1900 г. признавался факт распространения православия по всему Североамериканскому континенту. В 1901 г. был воздвигнут первый православный храм в Канаде, вышел в свет первый русский православный календарь в Америке. При святителе Тихоне кафедра епархиального архиерея была переведена из Сан-Франциско в Нью-Йорк (1905 г.), где в 1904 г. был воздвигнут величественный Свято-Николаевский кафедральный собор. Первая духовная семинария для подготовки православных священнослужителей в Америке была открыта в 1905 г. в Миннеаполисе на базе миссионерской школы, переведена в 1913 г. в Тенафлай (штат Нью-Джерси) и закрыта в 1923 г. из-за отсутствия средств. В связи с ростом епархии были образованы викариатства: 29 ноября 1903 г. Аляскинское, с кафедрой в городе Ситка, и 1 февраля 1904 г. Бруклинское (пригород Нью-Йорка), которое было создано для окормления сироарабов. Возглавил его епископ Рафаил (Хававини), бывший настоятель сироарабского прихода в Бруклине, хиротонисанный 6 мая 1904 г. в Свято-Николаевском соборе в Нью-Йорке. Это было первое посвящение православного епископа в США. Греки с этого времени начали создавать собственные церковно-общественные организации, независимые от епархии РПЦ. Возник первый румынский приход в Кливленде (штат Огайо). В 1905 г. в Саут-Кейнане (штат Пенсильвания) Тихон (Белавин) освятил монастырь Тихона Задонского и приют для сирот при нём, основал Сербскую духовную миссию. Одновременно по его почину был издан расширенный служебник на английском языке в переводе И.Ф. Хапгуд. 20–23 февраля 1907 г. состоялся первый Всеамериканский церковный Собор в Мейфилде (штат Пенсильвания). В послании к Собору архиепископ Тихон подчеркнул необходимость обеспечения материальной независимости епархии, что способствовало бы укреплению православной церкви на Американском континенте. В 1906 г. Тихон в докладе Предсоборному Присутствию РПЦ рекомендовал предоставить автокефалию Американской миссии, объясняя своё предложение многонациональным характером епархии.