Однако в апреле 1305 г. Рожер, прибывший перед походом в Адрианополь к Михаилу IX, был с ведома императора зарезан вождём отряда телохранителей-аланов. В ответ каталанцы объявили войну императору и длительное время опустошали Фракию и Македонию, разорили многие афонские монастыри, а затем двинулись в Грецию. В конечном счёте, так называемая Каталанская кампания принесла Византийской империи лишь новые бедствия и разорения. Во внутренней политике Андроник II Палеолог сразу же после восшествия на престол отказался от крайне непопулярной в Византии униатской линии Михаила VIII. Противники унии были возвращены из ссылок и тюрем, а поддерживавший её патриарх Иоанн XI Векк (1275–1282 гг.) отрёкся от престола и был отправлен в монастырь. Однако императору не удалось восстановить мир внутри церкви. В течение его царствования на Константинопольской кафедре сменилось десять патриархов. «Арсениты» (сторонники патриарха Арсения Авториана) долгое время не прекращали борьбы с партией, поддерживавшей патриарха Иосифа, униаты делали новые попытки восстановить своё влияние. Лишь в 1310 г. арсенитская схизма была прекращена. Во время правления Андроника II Палеолога Византия переживала серьёзный экономический кризис, византийская монета подверглась дальнейшей порче, значительно уменьшилась военная мощь империи. В 1296 г. Андроник II Палеолог внёс изменения в законодательную систему, учредив в столице Совет 12 судей, в который входили высшие светские и церковные лица. Среди приближённых и советников императора были учёные и писатели (Никифор Хумн, Феодор Метоихит и др.). В Константинополе шло строительство, реставрация и роспись церквей и монастырей. Андроник II Палеолог стал известен как покровитель наук и искусств. С конца XIII в. императрица Ирина Монферратская долго и настойчиво пыталась убедить мужа разделить империю между тремя её сыновьями, но Андроник II Палеолог категорически отказался сделать это, опасаясь распада государства и междоусобных войн. В 1310 г. попавшая в немилость к императору Ирина бежала в Фессалонику, где и умерла в 1317 г. Однако предотвратить междоусобицу Андронику II Палеологу не удалось. Со смертью Михаила IX (12 октября 1320 г.) образовалась оппозиция старому императору во главе с внуком и соправителем Андроника II Палеолога Андроником III Палеологом. В 1321 г. Андроник III Палеолог принудил деда отдать всю Фракию и часть Македонии под его самостоятельное правление. В 1325 г. он был коронован, а 24 мая 1328 г. вошёл в Константинополь. Длительное царствование Андроника II Палеолога закончилось. Ему было позволено остаться во дворце, но в январе 1330 г., когда Андроник III Палеолог тяжело болел, его друзья заставили престарелого императора удалиться в монастырь, где он принял монашеское имя Антоний и через два года умер. Похоронен в монастыре Липса.