В 1727 г. в числе других архиереев Афанасий присутствовал при коронации императора Петра II. 13 июня 1727 г. был уволен из Синода с назначением в Вологодскую епархию. В доношении, присланном в Синод 11 марта 1728 г., Вологодский епископ сообщал, что им поновлены предметы церковного обихода из архиерейской ризницы, восстановлены ветхие кельи, заведён конный завод. За архиерейским домом при Афанасии числилось 1272 крестьянских дома, общие доходы Вологодской кафедры составляли 2798 руб. За вычетом 1464 руб., следовавших в Коллегию экономии, денежных средств на содержание и ремонт вологодских церквей не хватало. В 1729 г. Афанасий просил Синод разрешить употреблять излишки хлеба из монастырей епархии на пропитание брошенных младенцев, а также на содержание славяно-латинской школы. Неоднократными были и просьбы уменьшить число отставных солдат и офицеров, присылаемых на пропитание в вологодские монастыри, а высвободившиеся средства расходовать на школу, в которой в 1730 г. обучалось 30 учеников. В 1731 г. в Спасо-Каменный монастырь Вологодской епархии был сослан бывший Ростовский архиепископ Георгий (Дашков). В том же году секретарь вологодского архиерейского дома Иосиф (Степанов) донёс в Синод о снятии воинского караула от бывшего Ростовского архиепископа (к тому времени принявшего схиму с именем Гедеон). В своё оправдание Афанасий обратился с личным письмом к архиепископу Феофану (Прокоповичу) и представил подробные объяснения в Синод. Тем не менее, в 1733 г. «в подобие выговора» ему было объявлено о слабом наблюдении за караульными. Во исполнение указа 1734 г. о монашествующих, регламентировавшего постриги, Афанасий доносил в Синод, что в его епархии лишены монашества 60 человек, постриженных незаконно. В 1735 г. в Тайной канцелярии было возбуждено дело против Афанасия, разрешившего венчание в Великий пост. Определением Синода от 4 апреля 1735 г. он был запрещён в священнослужении, лишён права носить жезл и мантию, отстранён от управления епархией (28 июня того же года Афанасий получил разрешение от запрещения). 17 сентября 1735 г. переведён на Суздальскую и Владимирскую кафедру. Погребён в суздальском Рождественском соборе. Смерть избавила Афанасия от очередного следствия, т.к. в 1737 г. на допросе в Тайной канцелярии слуга Евфимиева суздальского монастыря И. Савалов показал, что «Суздальский-де архиерей Афанасий епархии своей попов и прочих берёт по 20 и 30 рублёв с человека и тем епархию разоряет». Библиотека Афанасия, насчитывавшая 1080 томов, по завещанию была передана в Петропавловский собор в Санкт-Петербурге и в Московскую духовную академию. Афанасий является автором похвального слова в честь ордена Андрея Первозванного, а также оставшихся в рукописи поучений и опыта объяснения греческого текста Символа веры сравнительно со славянским.