По благословению митрополита Пантелеимона Афанасий подготовил проект устава Белорусской церкви, согласно которому её территория разделялась на шесть епархий: Витебскую, Гродненскую, Минскую, Могилёвскую, Новогрудскую, Смоленскую. На Соборе был избран Синод Белорусской церкви, в составе которого Афанасий возглавил Учебный комитет. 8 марта 1942 г. в минском кафедральном соборе состоялась хиротония Афанасия во епископа Витебского, которую возглавил митрополит Пантелеимон. Афанасию было также поручено временное управление Новогрудской епархией. В Новогрудке он организовал двухгодичные пастырские курсы, на которых обучалось 20 человек. Участвовал в заседаниях Всебелорусского церковного Собора (30 августа – 2 сентября 1942 г.), принявшего устав Белорусской церкви, в котором говорилось, что объявление её автокефалии последует после признания её всеми поместными православными церквами. Афанасий являлся противником вмешательства местных коллаборационистов во внутреннюю жизнь церкви. 12–15 мая 1944 г. участвовал в Соборе белорусских епископов. Благодаря неоднократным ходатайствам группы белорусских епископов, в числе которых был Афанасий, перед немецкими оккупационными властями 16 апреля 1943 г. из Ляданского монастыря был освобождён интернированный немцами в июне 1942 г. митрополит Пантелеимон. Летом 1943 г. Афанасий сумел договориться с новогрудским гебитскомиссаром об освобождении большой группы жителей деревни Еремичи Кореличского района, которых оккупанты хотели отправить в Германию. В июне 1944 г., опасаясь репрессий со стороны советских властей, весь белорусский епископат во главе с митрополитом Пантелеимоном покинул пределы Белоруссии. В 1946 г. Афанасий перешёл в юрисдикцию РПЦЗ и в мае того же года в Мюнхене созвал Собор белорусских и украинских епископов, эмигрировавших из России. В сентябре 1946 г. Синодом РПЦЗ назначен администратором и правящим архиереем Северо-Германской епархии с кафедрой в Гамбурге. Одним из попечений Афанасия на этой кафедре стало окормление лагерей русских беженцев. В начале 1950 гг. митрополитом Анастасием (Грибановским) Афанасий был назначен епископом Мельбурнским, викарием Австралийской епархии. В 1956 г. по собственному прошению переведён на Аргентино-Парагвайскую кафедру, управлявшую приходами на территории Аргентины, Парагвая и Уругвая. Многое сделал для приобретения общинами РПЦЗ в Аргентине юридического статуса и признания со стороны властей. По его инициативе в 1957–1958 гг. был сооружён Воскресенский кафедральный собор Аргентинской епархии РПЦЗ, раньше богослужения совершались в подвале католической школы. Афанасий создал епархиальную похоронную кассу в помощь малоимущим, кружок молодёжи, многие члены которого впоследствии стали священнослужителями. В 1962 г. избран в ревизионную комиссию Архиерейского Синода. В конце 1957 г. возведён в сан архиепископа, 17 августа 1961 г. награждён бриллиантовым крестом на клобук. 5 сентября 1969 г. Афанасий был переведён в Австралийскую и Новозеландскую епархию, в сентябре 1971 г. вернулся на Аргентинскую кафедру. Скончался в Буэнос-Айресе от сердечного приступа, похоронен на братском кладбище за собором Свято-Троицкого монастыря в Джорданвилле (штат Нью-Йорк, США). Афанасий является автором капитального труда «Беларусь в исторической, государственной и церковной жизни», который используется в качестве учебного пособия в Минской духовной семинарии.