В 1180 г. в Амиде был провозглашён патриархом Феодор бар Вахбон, соперник Михаила Сирийца. Заметная исламизация Дияр Бакра произошла после монгольского нашествия (середина XIII в.) и вызванного им нового притока тюркских кочевников. Туркменские и курдские племена вытесняли земледельческое христианское население; особый размах преследования христиан приняли после перехода в ислам монгольской династии Хулагуидов в конце XIII в. В июне 1317 г. Амида, взбунтовавшаяся против своего правителя, была разгромлена мощной мусульманской армией; 12 тыс. жителей были убиты или обращены в рабство, погибли многие христиане, в числе жертв был и яковитский епископ Map Грегориус. Захватчики разрушили и подожгли храм Богоматери. В 1394 г. город был снова разгромлен во время нашествия Тимура, погибло множество жителей. В Османской империи Дияр Бакр являлся одной из самых крупных и стратегически важных провинций. 400 лет относительного мира и стабильности способствовали процветанию Амиды, ставшей заметным центром мусульманской культуры. О положении местных христиан в османскую эпоху известно крайне мало. Наряду с православной церковью в Амиде издавна существовала армянская иерархия; некоторое время здесь находилась резиденция яковитских патриархов. В 1616 г. в Амиде была заключена несториано-католическая уния, а с 1681 г. до начала XIX в. город был местопребыванием одной из ветвей сиро-халдейских униатских патриархов. В Новое время в Амиде появились приходы католиков и протестантов, состоящие, в основном, из местного населения. В Амиде была значительная православная община: в «Синтагматионе» Хрисанфа Иерусалимского (1715 г.) город назван в числе кафедр, сохранивших верность православному Антиохийскому патриарху и не поддавшихся католической пропаганде. В XVIII–XIX вв. в Амиде шла острая борьба между униатами и православными. В 1846 г. митрополит Макарий Самман торжественно отрёкся от католичества, принял православие и был поставлен на кафедру Амиды; его примеру последовала и паства. Амида упоминается во всех дошедших с XVIII в. списках епархий Антиохийского патриархата. Её предстоятель носил титул «митрополит Амидский, пречестный, экзарх вей Месопотамии и Четвёртой Армении, наместник Эдессы». По свидетельству европейских путешественников, в Диярбакыре в 1840 гг. проживало, по разным данным, от 500 до 2000 семейств армян, имевших в городе две церкви (крупнейшие в Месопотамии), епископа, 19 священников и школы; 300 семейств сиро-яковитов и 200 – халдеев, небольшие группы армяно- и сиро-католиков. Православных греков насчитывалось от 6 до 20 домов, им принадлежал древний храм святых Космы и Дамиана. На 1913 г. в Диарбекирской митрополии насчитывалось 739 православных семейств, 13 церквей, 12 священников, 8 школ, новый кафедральный собор во имя св. Георгия. После Первой мировой войны православных общин здесь уже не было.